ProteinMPNN 项目推荐
ProteinMPNN 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/ProteinMPNN
1. 项目基础介绍和主要编程语言
ProteinMPNN 是一个开源项目,专注于使用深度学习技术进行蛋白质序列设计。该项目的主要编程语言是 Python,并且依赖于 PyTorch 和 Numpy 等深度学习框架和库。ProteinMPNN 通过其先进的模型架构,能够高效地生成和优化蛋白质序列,适用于生物信息学和药物设计等领域。
2. 项目的核心功能
ProteinMPNN 的核心功能包括:
- 蛋白质序列设计:利用深度学习模型生成高质量的蛋白质序列。
- 模型训练与优化:提供代码和数据用于重新训练模型,以适应不同的应用场景。
- 多种模型选择:支持全蛋白质骨架模型和仅CA模型,用户可以根据需求选择合适的模型。
- 辅助脚本:提供一系列辅助脚本,用于解析PDB文件、分配设计链、固定残基、添加氨基酸偏置等。
3. 项目最近更新的功能
ProteinMPNN 最近更新的功能包括:
- 模型权重更新:增加了新的模型权重文件,如
v_48_030.pt
,提升了模型的性能和稳定性。 - 输入输出优化:改进了输入输出流程,支持更多的输入格式(如FASTA格式)和输出选项(如保存概率和评分)。
- 示例脚本更新:提供了更多的示例脚本,如
submit_example_3_score_only.sh
,帮助用户快速上手并理解如何使用模型进行评分。 - 性能优化:通过优化代码和增加批处理大小,提升了模型在GPU上的运行效率。
ProteinMPNN 是一个功能强大且不断进化的开源项目,适合对蛋白质设计感兴趣的研究人员和开发者使用。
ProteinMPNN 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/ProteinMPNN