AMBER学习记录--使用Multiwfn计算有机小分子的RESP电荷--问题及解决

1 ORCA+Multiwfn在wsl中的安装

        ORCA的安装参考量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

        Multiwfn的安装 参考保姆级安装Linux版Multiwfn教程_multiwfn安装过程-CSDN博客

2 计算C3G的RESP电荷

2.1从pubchem上下载C3G的结构

        puchem ID号为197081，下载格式为sdf，此时我们使用openbabel工具将其转换为pdb格式.

 sudo obabel -isdf C3G.sdf -O C3G.pdb

2.2运行脚本，计算RESP电荷

        从Multiwfn安装目录下的example/RESP下复制脚本到当前目录，比如RESP2_ORCA.sh，该脚本包括几何优化步骤。接下来，修改脚本中的nprocs和maxcore参数，同时设置ORCA和orca_2mkl两个参数的路径。比如：

nprocs=10
maxcore=2000

ORCA="/home/xxx/software/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca"
orca_2mkl="/home/xxx/software/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca_2mkl"

3 报错及解决

3.1报错及描述

        已按照sob老师的安装步骤下载了orca和openmpi，同时配置了环境。但还是显示mpirun not found，而且输入mpiexec -V，也会显示正确的openmpi版本，输入which mpirun也会显示正确的路径。单核版本可以运行，而多核不能运行。

3.2解决

        找不到mpirun，但环境里已经配置了变量。于是，我将该环境写在了RESP2_ORCA.sh脚本中，重启wsl之后，便可以进行多核操作了。

        而且我还发现如果使用当前用户，而不是用root用户时，也会报错，报错内容是权限受阻。于是我加上了sudo，但加上了sudo以后，又有新的错误。

        我按照提示，在脚本中加入了两行便可以运行了

export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

        但是运行到最后发现如下报错：

        查看该博客forrtl: severe（174）：SIGSEGV,segmentation fault occurred 问题解决 （ulimit -s 设置堆栈最大值）_forrtl: severe (174): sigsegv, segmentation fault -CSDN博客

        发现，这是由于运行程序较大，而Linux系统初始的堆栈大小（stack size）太小的缘故。我们只要将其调大，一般把stack size设置成没有限制，这样就没有错误了！ 

        这里我使用的是临时的方法，即在脚本中加入一行代码即可：

ulimit -s unlimited

        结果如图：有两个文件，格式为chg的是RESP电荷。但是没有最终的结果，也就是C3G.chg文件。

        查看输出，最后有报错信息，bad sustitution，

        

        首先，bad substitution的字面意思是“替换错误”。查看博客得到，从 ubuntu 6.10 开始，ubuntu 就将先前默认的bash shell 更换成了dash shell；其表现为 /bin/sh 链接到了/bin/dash而不是传统的/bin/bash。

        参考该文将/bin/sh 指向bash。syntax error: bad substitution是什么问题-CSDN博客

        最后发现，运行成功了，得到了C3G的RESP电荷。