核磁数据处理: FSL系列之segmentation工具FAST

fsl的segmentation工具: FAST (FMRIB’s Automated Segmentation Tool)将大脑组织的3D影响分解为不同的组织,比如灰质\白质\脑脊液等等, 同时还可以进行spatial intensity variations的修正, 也就是bias field或者RF inhomogeneities.
在终端输入Fast, 打开FAST的GUI界面, 输入fast则是FAST的命令行调用.

FAST工具采用的算法是隐马尔科夫随机场模型,以及相关的EM算法(Expectation-Maximization).
整个计算过程都是全自动的,输入是经过bias field-corrected 图像, 输入是从概率上和/或者分容积的组织分解.(probabilistic and/or partial volume tissue) .算法的鲁棒性和可靠性都是比较好的,对噪声不太敏感.
fast命令行工具的调用格式为:

fast [options] [input_nifti_file] [output_nifti_file]

例如:

fast -t 1 -n 3 -H 0.1 -I 4 -l 20.0 -o /home/dl/Data/Brain/Liang_test/test_out/brain /home/dl/Data/Brain/Liang_test/test_out/brain

生成的segmentation文件有:
-rw-rw-r-- 1 dl dl 321587 Mar 15 19:55 brain_mixeltype.nii.gz<