IGV+VNC(ubuntu) VNC Viewer连接服务器以后,出现灰色的背景表明远程服务器上的X服务已经启动起来了,只不过桌面上什么应用也没有,因此也就什么也看不见。TightVNC:是一个小巧而强大的VNC工具,支持Windows、Linux以及Unix等多种操作系统,具有较高的安全性和性能。配置前,先查看监听端口(vnc默认端口号是5900,开启第一个VNC进程就是访问5901端口,开启第二个就是5902,以此类推)把需要启动的应用程序写入,保存后,关闭源端口,重新开启vnc端口,即可正常访问。
NUPACK安装 根据NUPACK的README进行安装,运行‘make’命令时,出现错误"multiple-definition errors"。2)出现新的问题:error: ‘uint8_t’ does not name a type。直接在types.h添加 #include <cstdint>找了半天百度和bing,结果发现答案就在log里面。至此,nupack安装成功!
Ribotree安装依赖arnie包 1)根据github上arnie源文件的example_arnie_file.txt,进行RNAfold、CONTRAfold等程序路径的设定,并将编辑的arnie_file.txt的绝对路径写入~/.bashrc 文件(在步骤二的基础上,需要设置 vienna 和 vienna_2);后来发现可以直接使用pip install arnie,来进行arnie包的安装,但由于arnie包本身就是一个打包不同二级结构预测程序的包,所以在~/.bashrc文件中需要设置 ARNIEFILE。