samtools 使用帮助

1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。 bam...

2018-02-07 13:33:50

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Pileup 格式详解

Pileup 格式最初是由Sanger Institute的Tony Cox 和 Zemin Ning 使用的,描述了染色体上每个位置的碱基信息。 可以用来 SNP/indel calling, 也可以直接用眼睛看一下排列的情况。 Pileup 文件一般是由SAMtools从sort...

2018-02-07 10:03:37

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bed文件格式详解

BED 文件格式是一个可变方式的数据线,用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。 首先是三个要求的BED字段 1,chrom, 染色体或scaf...

2018-02-07 09:25:43

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