同一细胞中染色质可及性和转录组的综合分析

对同一细胞中染色质可及性和转录组的综合分析，有助于了解特定基因组区域的染色质状态与相应转录本水平的直接联系。而且，转录因子的结合是瞬时的，而染色质水平反映的表观遗传标记的变化可以持续数天或数周。因此，同时检测染色质可及性和基因表达的技术有助于剖析不同时间尺度的细胞状态。目前，科学家们已经开发出多种方法来同时分析染色质和转录组。

对同一单细胞的染色质可及性和基因表达进行联合分析可提供有关动态过程中组织中的细胞类型和细胞状态的关键信息。 一个基本挑战是将基因调控网络与定义独特细胞类型和状态的基因表达谱精确地联系起来，这需要来自同一组织样本或细胞系的两个独立的single cell or nucleus数据，然后推断单独的基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据之间的联系。

从技术方法层面上来讲，目前关于多组学技术中scATAC-seq和scRNA-seq的multiome技术及联合分析应该是相对比较成熟的。这里拿10x genomics的Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression 技术举例，它能够在同一单细胞中同时捕获转录组和表观基因组模式（通过同一个beads上带的两组不同的barcode组合识别和关联单细胞中的两套数据，该barcode组合约有700k）。该技术消除了与链接单独数据集相关的计算错误，并最大限度地提高了珍贵样本的可能读数。 此外，通过细胞开放染色质景观和基因表达谱的联合分析，研究人员可以了解细胞类型和状态是如何建立的，发现新的基因调控相互作用，并用关键表达标记解释表观遗传谱。

单细胞ATAC 技术（scATAC-seq）是在表观基因组学水平上，揭示单细胞染色质的可及性问题，区分细胞异质性，获得开放染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息，是单细胞表观遗传学的重要突破。随着单细胞测序技术的迅速发展，研究者越来越重视探索基因表达背后的转录调控机制，因此染色质可及性研究逐渐成为热点。