CP2K全家桶最简易安装 | Singularity方案

CP2K是开源的分子动力学模拟套件. 

一个特点就是安装十分费时. 对编译器十分挑剔, 同时依赖多种“插件”.

以下介绍一种十分简单的安装方案. 需要机器上有docker和singularity. 这两个东西如何安装, 自己google吧.

一键安装

在自己的Linux机器上, 可以是虚拟机, 必须具有root权限. 执行如下操作:

singularity build cp2k-9.1.SIF docker://cp2k/cp2k:9.1

耐心等待很长一段时间, 因为机器需要去和docker沟通, 下载大约1.65GB内容.

稍作修改

运行完毕后, 会在当前目录得到一个cp2k-9.1.SIF的文件. 注意这是一个可执行文件. 比如可以修改一下文件名, 仅仅是为了好看. 

以下, 是我稍微修改后的可执行文件, 当然除了加入帮助信息外, 还有其他必要的修改.  

[wang@lab-itc v9.1]$ ./cp2k-9.1-hpc4you.exe

会看到如下类似信息:

Usage:
     ./cp2kXX-hpc4you.exe Num_of_cores FullNameInputFile
     Or,
     cp2kXX-hpc4you.exe Num_of_cores FullNameInputFile
     if you have copied cp2kXX-hpc4you.exe to $HOME/bin folder.

     You may try to set,
     ex