humingyi0629的博客

是一类短肽，在多种生物过程中起着至关重要的作用，并具有针对目标生物的多种功能活性。由于和微生物病原体对抗生素的，AMPs 有潜力成为抗生素的替代品。因此，AMPs 的识别已成为广泛讨论的热点话题。基于机器学习算法的多种计算方法已经被开发出来用于识别 AMPs。然而，这些方法大多无法预测 AMPs 的功能活性，即使能够指定功能活性的预测器，通常也仅限于少数几种功能。在本研究中，我们首先调查了，分析了它们所使用的特征和算法。然后，我们构建了全面的 AMP 数据集，并提出了一种基于深度学习的新框架 ——

抗菌肽（AMPs）具有在临床和非临床环境中应对多重耐药病原体的潜力。近年来基因组和宏基因组的广泛应用为计算预测提供了机会。然而，由于这些肽的分子较小，标准的基因筛选方法无法应用于这一领域，因此需要采取替代方法。。在此，作者提出了Macrel（即宏基因组抗菌肽分类与检索工具），这是一种用于从（宏）基因组中筛选高质量抗菌肽候选分子的端到端管道。为此，引入了一套新的，并利用这些特征构建了分类器，（通过标准基准测试以及更严格的测试方案）。作者展示了Macrel通过真实的模拟和实际数据恢复了高质量的抗菌肽候选分子。

已经成为近年来对人类健康的。面对当前抗生素，开发新的抗生素或探索显得尤为重要。。然而，抗菌肽的仍然面临诸多障碍，如，这些过程，难以迅速推向市场。然而，随着的出现，使用等工具可以，为未来带来了希望。在基因组挖掘中，计算方法动检测和注释基因组数据中的生物合成基因簇，使其成为。本文旨在，并汇总了通过传统方法和基因组挖掘策略。此外，本文还对进行补充说明，并概述了专为。鉴于，可以清楚地看出作为，在加速方面具有。

这些新肽的活性比野生型更强。该研究结果表明，机器学习能够提供工具，加速发现具有良好抗菌活性的AMPs，允许探索结构模式，并指示特定描述符如何影响生物活性。基于机器学习的设计模型还可以用于创建具有特定。

由于传统抗生素的滥用和多重耐药微生物的增加，抗菌药物耐药性已成为一个全球性的重大健康问题。抗菌肽（AMPs）是一类天然存在的多肽，因其对宿主的低毒性、广泛的生物活性（包括抗菌、抗真菌、抗病毒和抗寄生虫活性）以及巨大的治疗潜力（如抗癌、抗炎等），有望成为下一代抗生素。最重要的是，抗菌肽通过多种作用机制破坏细胞膜来杀死细菌，而不是针对单一分子或途径，这使得细菌难以产生耐药性。然而，用于发现和设计新抗菌肽的实验方法非常昂贵且耗时。近年来，人们对使用计算机模拟方法进行药物发现产生了浓厚兴趣。

正如前面讨论的那样，机器学习是一种节省时间的技术，能够执行任务，如预测AMP，无需人工编程并能通过修改算法来适应任务需求。这些技术被用于AMP序列的预测，以获得独特的性质，从而避免AMP可能存在的问题。例如，机器学习可用于开发无溶血性的AMPs，这是其在治疗应用中的限制。总的来说，随着对机器学习的了解不断加深，这项技术能够帮助缓解实验室中遇到的问题。

抗生素耐药性构成全球威胁，一项战略是开发新一代抗菌素，天然抗菌肽(AMPs)是公认的模板，其中一些已经在临床使用。为了加速新抗生素的发现，从各种生物体的基因组测序中预测新的抗菌肽是有用的。抗菌肽数据库(APD)提供了第一个经验肽预测程序。它还促进了第一批机器学习算法的测试。本文概述了amp的机器学习预测。大多数预测因子，如AntiBP、CAMP和iAMPpred，都涉及对抗菌活性的单标签预测，这种类型的预测已经扩展到抗真菌、抗病毒、抗生物膜、抗结核、溶血和抗炎肽。在APD中注释的amp的多种功能作用也使多标

人工智能(AI)和机器学习(ML)模型最近已进入药物发现领域。鉴于抗菌素耐药性日益普遍，以及抗生素开发所固有的挑战，迫切需要加快设计新的抗菌素疗法。抗菌肽(AMPs)是治疗细菌感染的药物，但由于毒性、稳定性差、细胞渗透有限和成本高等问题，其临床应用缓慢。人工智能和机器学习的最新进展使研究者在预测生物分子特性和结构以及生成新分子方面的能力取得突破。基于ML的多肽建模可以克服与传统药物发现相关的一些缺点，并有助于amp的快速开发。

AMP往往具有较短的氨基酸序列(小于50个氨基酸)、净阳离子(+2到+9)和两亲性。AMPs通常分为三类:a-螺旋AMPs ， β-折叠AMPs和富含特定氨基酸的延伸线性肽。虽然amp通常是两亲性的，具有极性和疏水残基的分离基团，但一大类amp可以形成a-螺旋结构，其极性(带电)和疏水残基沿螺旋轴排列在相反的面上，从而形成表面两亲性，残基的这种独特表现形式通常被描述为“两亲性”。体外实验表明，抗菌肽通常通过选择性破坏微生物膜发挥作用，菌活性通常依赖于amp与细菌膜之间的相互作用。

依赖性：有参分析依赖于参考基因组，无参分析不依赖。准确性和效率：有参分析通常更准确且高效，而无参分析虽然全面但计算资源需求更高。发现能力：无参分析有更好的发现未知微生物和新基因的能力，而有参分析可能会忽略这些信息。

首先，运行一条命令对输入文件进行注释，然后使用注释结果运行另一条命令。参数 -m diamond 指定使用 Diamond 进行注释，--no_annot 不生成注释文件，--no_file_comments 不在输出文件中添加注释，-cpu 28 指定线程数，-data_dir 指定数据库目录。参数 -t 28 指定线程数，-r 指定参考 contig 文件，--coupled 指定输入 paired-end 测序数据，--bam-file-cache-directory 指定 BAM 文件缓存目录。

GCF是RefSeq（ncbi指定参考基因组），GCA是GenBank，GCF可能更可靠一些（F ：reference sequences；A ：Assembly）解压点进去找到faa文件，记得也改名 改成下载页面的。进入文件夹：cd /home/stu_6/运行注释命令：emapper.py -i。挑一个标准菌株，这里随便选了一个打勾的。文件拉到服务器/home/stu_6/下。不要留空格，用_代替。

**格式**：每条序列由四行组成：序列标识符、序列本身、质量标识符（通常是一个 "+" 号）、质量分数。- **扩展名**：`.fasta`, `.fa`, `.fna`（核酸序列）, `.faa`（蛋白质序列）- **扩展名**：`.gtf`, `.gff`, `.gff3`- **描述**：存储生物序列信息（DNA、RNA、蛋白质）。- **扩展名**：`.vcf`, `.bcf`（二进制形式）- **扩展名**：`.fastq`, `.fq`- **扩展名**：`.sam`, `.bam`

每次都fail，但是代码能正常运行，可以到C:\Users\用户名
ni-experiments\实验ID\trials\子ID路径中查看stderr文件了解报错信息。

python处理数据,求每一列0的个数以进行特征筛选

给定数字 0-9 各若干个。你可以以任意顺序排列这些数字，但必须全部使用。目标是使得最后得到的数尽可能小（注意 0 不能做首位）。例如：给定两个 0，两个 1，三个 5，一个 8，我们得到的最小的数就是 10015558。现给定数字，请编写程序输出能够组成的最小的数。输入格式：输入在一行中给出 10 个非负整数，顺序表示我们拥有数字 0、数字 1、……数字 9 的个数。整数间用一个空格分隔。10 个数字的总个数不超过 50，且至少拥有 1 个非 0 的数字。输出格式：在一行中输出能够组成

输入两个非负 10 进制整数 A 和 B (≤230−1)，输出 A+B 的 D (1<D≤10)进制数。输入格式：输入在一行中依次给出 3 个整数 A、B 和 D。输出格式：输出 A+B 的 D 进制数。输入样例：123 456 8输出样例：1103我的代码：a,b,d= [int(x) for x in input().split()]x=a+bmax=0res=[0]*31while x!=0: i=0 while d**.

给定一个 k 位整数 N=dk−1​10k−1+⋯+d1​101+d0​ (0≤di​≤9, i=0,⋯,k−1, dk−1​>0)，请编写程序统计每种不同的个位数字出现的次数。例如：给定 N=100311，则有 2 个 0，3 个 1，和 1 个 3。输入格式：每个输入包含 1 个测试用例，即一个不超过 1000 位的正整数 N。输出格式：对 N 中每一种不同的个位数字，以 D:M 的格式在一行中输出该位数字 D 及其在 N 中出现的次数 M。要求按 D 的升序输出。输入样例：

月饼是中国人在中秋佳节时吃的一种传统食品，不同地区有许多不同风味的月饼。现给定所有种类月饼的库存量、总售价、以及市场的最大需求量，请你计算可以获得的最大收益是多少。注意：销售时允许取出一部分库存。样例给出的情形是这样的：假如我们有 3 种月饼，其库存量分别为 18、15、10 万吨，总售价分别为 75、72、45 亿元。如果市场的最大需求量只有 20 万吨，那么我们最大收益策略应该是卖出全部 15 万吨第 2 种月饼、以及 5 万吨第 3 种月饼，获得 72 + 45/2 = 94.5（亿元）。输入