Doped code 介绍

doped是一款Python软件，用于缺陷超单元计算的生成、前/后处理和分析，以高效、可重复、用户友好、功能强大且完全可定制的方式实施缺陷模拟工作流程。

https://doped.readthedocs.io/en/latest/

教程页面提供了演示代码功能和用法，

该软件包的主要进步概述在论文原文。

关键功能

超胞生成:生成最佳超晶胞，以最少的原子数量(计算成本)最大化周期性图像分离。

缺陷产生:从化学直觉产生缺陷超胞和可能的电荷态。

计算输入输出:ShakeNBreak自动编写输入和解析计算(VASP和其他DFT/力场代码)。

化学势:通过自动计算设置、解析和分析，确定化学潜在限值的相关竞争阶段。

缺陷分析:自动解析计算输出，以计算缺陷形成能量、有限尺寸修正(FNV & eFNV)、对称性、简并度、跃迁能级等。

热力学分析:计算(非)平衡费米能级、缺陷/载流子浓度等。作为退火/冷却温度、化学势、亚稳态的完全包含等的函数。

绘图:生成缺陷形成能量、化学势极限、缺陷/载流子浓度、费米能级、电荷校正等出版物质量的图表。

Python 连接:完全可定制和模块化PythonAPI，即插即用ShakeNBreak为缺陷结构搜索, 轻松展开对于能带展开等。再现性、制表、自动化兼容性/健全性检查、应变/位移分析、浅层缺陷/特征值分析、高通量兼容性、Wyckoff 分析…

Installation

doped can be installed via PyPIor conda if preferred, and further instructions for setting up POTCAR files with pymatgen (needed for input file generation)

pip install doped

Citation

If you use doped in your research, please cite:

S. R. Kavanagh et al. doped: Python toolkit for robust and repeatable charged defect supercell calculations. Journal of Open Source Software 9 (96), 6433, 2024

ShakeNBreak

有关ShakeNBreak的使用，相关文档中给出了深入的解释和教程。

https://shakenbreak.readthedocs.io/