PASSKEy使用细节

1、PASSKEy简介

PASSKEy是基于Fortran90开发的并行流注等离子体耦合求解器，可用于计算包含复杂化学反应的气体放电低温等离子体中的电场、组分浓度和流体动力学时空演化过程。该代码由朱益飞博士在巴黎综合理工学院（等离子体物理实验室，LPP)开发，并在等离子体动力学重点实验室和等离子体计算工坊团队支持下，由陈贤聪发展完善。
Passkey线上网址：http://www.plasma-tech.net/parser/passkey/

2、PASSKEy运行环境

• Fortran：
  百度网盘Fortran2015链接：https://pan.baidu.com/s/1jsltapFCvrK7I1Z5Cf4hMg
  提取码：rgpe

• Linux+ifort（MKL库）：
  https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/base-toolkit/download.html?operatingsystem=linux&distributions=webdownload

3、PASSKEy流程

• 1、打开官网http://www.plasma-tech.net/parser/passkey/，进入download，如以下界面，我们需要提前准备好三个文件bolsig输出文件（*.dat），物理模型和化学反应机理文件（PASSKEy.inp），网格信息和数值算法文件（coefficients.inp）。分别点击load上传三个文件，然后在下方Email处输入邮箱，输出结果（邮件附件）一分钟左右会发送到邮箱。
  
  得到的邮件内容如下：（里面附送了PASSKEy的中、英文说明使用书）
  
• 2、接下来用户自主编写主程序udf_main.f90（执行程序计算和输出）和udf_geometry.f90（画放电几何图）

udf_main.f90：

udf_geometry.f90：

• 3、把邮件中的code_bin, code_gen文件夹下的所有文件以及batch_slurm, makecase_run，udf_geometry.f90，udf_main.f90复制到Linux环境下，如下图：
  
• 4、加载intel Fortran（我是在超算服务器上操作的，第一行是超算要求的命令），输入命令module load intel/，双击Tab键，会自动提示相对应的版本，然后运行module load intel/20.4.3-ls-public4加载最新版本的Fortran。
  
• 5、编译，首先把makecase_run变成可执行文件（选中makecase_run，右击鼠标，如下图，把红色框中的三个x都选中，点击ok）
  
  接下来就是执行makecase_run。首先cd + 路径，然后ls打开目录，可以看到makecase_run为绿色（可执行），如果是白色就重复上一步。最后./makecase_run执行。
  
  执行完后，打开目录查看，可以看到如下图，.o文件都会被编译，生成PASSKEy.exe可执行文件。
  
• 6、执行PASSKEy.exe文件。此时还需要两个文件coefficients.input和voltage.input文件，把这两个文件放到以上目录下。如下图所示。
  
  准备好所有文件以后就可以执行PASSKEy.exe文件了。有两种执行方式，1、直接在命令行中输入./PASSKEy.exe（如果要停止Ctrl+C），不建议使用这种方式运行，容易被管理员kill掉；2、提交脚本sbatch batch.slurm（在超算中如果要停止scancel+题号）。操作如下
  
  
  有关一些超算的命令大家可以看我前面的博客。
  到这里PASSKEy就执行完成了。(PASSKEy说明书见附件)

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对于输出结果的一些后处理在下篇博客整理。
2021/8/17