题目链接:http://poj.org/problem?id=3691
题目大意:已知一个DNA串和一些病毒DNA序列,求出最少改变DNA串中多少个字符,能使得串中不包含任意一个病毒序列。
题目思路:ac自动机加简单dp.
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<string.h>
#include<string>
#include<queue>
#include<algorithm>
#include<vector>
#include<stack>
#include<list>
#include<iostream>
#include<map>
using namespace std;
#define inf 0x3f3f3f3f
#define Max 110
int max(int a,int b)
{
return a>b?a:b;
}
inline int min(int a,int b)
{
if(b==-1)
return a;
return a<b?a:b;
}
int q[55*20],cnt;
char s[1100];
int mp[300];
int dp[2][1100];
struct node
{
int cnt,fail;
int next[26];
void init()
{
cnt=fail=0;
memset(next,0,sizeof(next));
}
}tri[55*20];
void insert(char *s)
{
int i,p,x;
p=0;
for(i=0;s[i];i++)
{
x=mp[s[i]];
if(!tri[p].next[x])
{
tri[++cnt].init();
tri[p].next[x]=cnt;
}
p=tri[p].next[x];
}
tri[p].cnt++;
}
void bfs()
{
int i,p,suf,head,tail;
p=head=tail=0;
for(i=0;i<4;i++)
{
if(tri[0].next[i])
{
q[tail++]=tri[0].next[i];
tri[0].fail=0;
}
}
while(head<tail)
{
p=q[head++];suf=tri[p].fail;
tri[p].cnt+=tri[suf].cnt;
for(i=0;i<4;i++)
{
if(tri[p].next[i])
{
q[tail++]=tri[p].next[i];
tri[q[tail-1]].fail=tri[suf].next[i];
}
else
tri[p].next[i]=tri[suf].next[i];
}
}
}
void solve()
{
int i,j,k,tmp;
for(i=0;i<=cnt;i++)
dp[0][i]=-1;
dp[0][0]=0;
int now=0;
for(i=0;s[i];i++)
{
for(j=0;j<=cnt;j++)
dp[1-now][j]=-1;
for(j=0;j<=cnt;j++)
{
if(dp[now][j]==-1)
continue;
for(k=0;k<4;k++)
{
tmp=tri[j].next[k];
if(tri[tmp].cnt)
continue;
// printf("akkk\n");
if(mp[s[i]]==k)
{
dp[1-now][tmp]=min(dp[now][j],dp[1-now][tmp]);
}
else
dp[1-now][tmp]=min(dp[now][j]+1,dp[1-now][tmp]);
}
}
now=1-now;
}
int ans=-1;
for(j=0;j<=cnt;j++)
{
if(dp[now][j]==-1)
continue;
ans=min(dp[now][j],ans);
}
printf("%d\n",ans);
}
int main()
{
int i,n,count=1;
char str[25];
mp['A']=0;mp['C']=1;mp['G']=2;mp['T']=3;
while(scanf("%d",&n),n)
{
cnt=0;tri[0].init();
for(i=0;i<n;i++)
{
scanf("%s",str);
insert(str);
}
scanf("%s",s);
bfs();
printf("Case %d: ",count++);
solve();
}
}