Tomcat不能shutdown

我有一个后台应用程序，是多线程的，没有web界面，但我是用web方式部署的，即在web.xml里配置了监听器，监听器的 public void contextInitialized(ServletContextEvent event) 函数里实例化我那个后台程序并启动那个主应用线程（这个主线程开始后还会启很多工作线程）。现在的问题是，我执行了tomcat的shutdown.sh脚本后，tomcat的8080端口已经关闭了，但ps看系统进程依然还有那个tomcat，我那个应用里会启一个定时任务线程，每隔数秒会打印一些东西，现在shutdown以后它依然在打印。所以每次想彻底的停止我的那个应用，必须kill掉tomcat的进程才可以。 执行shutdown脚本或者在Tomcat Web Application Manager 里单独stop我那个应用都不行。

所以我想问的问题是：
1、这个问题的产生原因？
2、像我这样的应用方式应该注意些什么？在监听器里启动的线程的生命周期如何维护？
3、tomcat shutdown时会作哪些操作？ 在Tomcat Web Application Manager 里stop或者 reload一个webapp时又会做那些操作？ 对于在和tomcat启动时一同启动的非servlet线程，那些关闭或停止操作会对它们有何影响？