如何动态调试Python的第三方库

如何动态调试Python的第三方库

2017年01月21日 22:53:57

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注意：本文方法仅限于调试安装时附带py源码的库，如sklearn。

引入

用sklearn中的sklearn.feature_extraction.text.TfidfTransformer来获取TF特征，但发现sklearn的计算结果与我手工计算结果不一样。虽然能在github上找到sklearn的源码。但不能动态调试，就无法直观的看到结果。

那么问题来了，我们怎么样才能动态调试Python的第三方库（比如sklearn）呢？怎么样才能看到第三方库中源码动态运行的中间结果？

假设我的代码如下：

# 原始语料，3个文本
strs_train =[
'God is love',
'OpenGL on the GPU is fast',
'Doctor David is PHD']

from sklearn.feature_extraction.text import TfidfTransformer
from sklearn.feature_extraction.text import CountVectorizer
# 先提取 Bags of words特征
count_vect = CountVectorizer()
X_train_counts = count_vect.fit_transform(strs_train)
# 再基于Bags of words特征，变换为TF特征
tf_transformer = TfidfTransformer(use_idf=False).fit(X_train_counts)
X_train_tf = tf_transformer.transform(X_train_counts)
print(X_train_tf.todense())

我怎么样才能看到函数sklearn.feature_extraction.text.TfidfTransformer.transform()计算的中间结果呢？

Python调试基础

Python自带了一个用于调试代码的模块pdb。它支持断点设置，单步调试，进入函数调试，查看代码片段，查看变量值，动态改变变量值。

下面两行代码就能给程序加断点：

import pdb
pdb.set_trace()

加了断点，运行程序，当程序停下，就可以用下面几个命令，在SHELL中调试代码。

命令	含义
c	继续执行代码
n	下一步
r	执行代码，从当前函数返回
s	进入函数
b	下断点

调试Python第三方库

我们用pdb，就可以在第三方库中下断点，并进行调试。这里以调试sklearn中的sklearn.feature_extraction.text.TfidfTransformer为例，给出如下步骤。

• （1）找到第三方库所在的位置

先利用如下Python代码找到sklearn源码位置。我的位置在C:\\Users\\biny\\Anaconda3\\lib\\site-packages\\sklearn。

import sklearn, os
path = os.path.dirname(sklearn.__file__)

• 1
• 2

• （2）删掉Python预编译的字节码

Python程序在运行时，为了提高运行速度，Python解释器先将.py代码编译为byte code（字节码），再有Python虚拟机来执行字节码。

下次再运行同一程序时，若.py代码没有改变，则省略将.py代码编译为字节码的步骤，直接运行上次已编译好的字节码。

这些字节码，会被存于__pycache__文件夹下，和.pyc文件。按照原理，这个步骤是不需要做的，不过删掉字节码在运行自己的程序，如果不会出现新的字节码文件，说明你的第三方库位置找错了。这样能方便我们发现错误。

• （3）在第三方库源码中加断点

根据第三方库的位置，找到sklearn.feature_extraction.text.TfidfTransformer.transform()函数所在.py文件。并用pdb在函数开头加上断点（如下）。

def transform(self, X, copy=True):
    import pdb
    pdb.set_trace()

    if hasattr(X, 'dtype') and np.issubdtype(X.dtype, np.float):
        # preserve float family dtype
        X = sp.csr_matrix(X, copy=copy)
    else:
        # convert counts or binary occurrences to floats
        X = sp.csr_matrix(X, dtype=np.float64, copy=copy)

• 
  

• （4）运行自己的程序

运行我的代码，停在第三方库中，就可以用pdb命令调试第三方代码了。

• 此时代码已经运行并进入第三方库中，停止在断点处： 
  C:\mine\tmp\debug_py_3rd_lib>python main.py

  c:\users\biny\anaconda3\lib\site-packages\sklearn\feature_extraction\text.py(1018)transform() 
  -> if hasattr(X, ‘dtype’) and np.issubdtype(X.dtype, np.float): 
  (Pdb)

• 用n命令（next），让代码单步运行到关键点：

  c:\users\biny\anaconda3\lib\site-packages\sklearn\feature_extraction\text.py(1042)transform() 
  -> if self.norm: 
  (Pdb) n

• 直接输入要查看的中间变量（X.data），停下的这行代码是即将执行的，我们可以看到执行前的变量值：

  c:\users\biny\anaconda3\lib\site-packages\sklearn\feature_extraction\text.py(1043)transform() 
  -> X = normalize(X, norm=self.norm, copy=False) 
  (Pdb) X.data 
  array([ 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.])

• 继续执行代码（n命令），然后可以看到中间变量值被改变。也能看到这个改变是因为做了normalize。 
  (Pdb) n

  c:\users\biny\anaconda3\lib\site-packages\sklearn\feature_extraction\text.py(1045)transform() 
  -> return X 
  (Pdb) X.data 
  array([ 0.57735027, 0.57735027, 0.57735027, 0.40824829, 0.40824829, 
  0.40824829, 0.40824829, 0.40824829, 0.40824829, 0.5 , 
  0.5 , 0.5 , 0.5 ])

记住调试结束后，一定要在第三方源码中删掉pdb断点那两行代码！

参考

• （1）python调试。http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-cn-pythondebugger/