【记录】python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。

使用nibabel

由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z, x, y)

读取nii.gz文件

img = nib.load('xxxxx.nii.gz')
img_affine  = img.affine
img = img.get_data()

保存nii.gz文件

nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')

使用sitk

使用sitk读取nii时,读取出来的还是图片格式,可以使用他自带的函数进行处理,不过速度比较慢,建议使用GetArrayFromImage转换成numpy格式再处理,3维图像格式为(x, y, z)

读取nii.gz文件

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(img)

保存nii.gz文件

out = sitk.GetImageFromArray(img)
sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')
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