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生物信息
JiangCaifu
这个作者很懒,什么都没留下…
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GEO数据分析step1
第一步下载数据并且预处理library("FactoMineR")library("factoextra")library("ggplot2")library(GSEABase)library(GSVA)library(clusterProfiler)library(genefu)library(ggplot2)library(ggpubr)library...原创 2019-09-23 22:34:59 · 2495 阅读 · 0 评论 -
GEO数据分析step2
step2:检查数据rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~options(stringsAsFactors = F)load(file = 'step1-output.Rdata')table(group_list)# 每次都要检测数据dat[1:4,1:4]## 下面是画PCA的必须操作,需要看说明书。#t表示转置dat=t(dat)#画P...原创 2019-09-24 18:47:20 · 1060 阅读 · 0 评论 -
GEO数据分析step3
step3:基因差异分析#Step3:DEGsrm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~options(stringsAsFactors = F)load(file = 'step1-output.Rdata')# 每次都要检测数据dat[1:4,1:4] #table函数,查看group_list中的分组个数table(group_list) #...原创 2019-09-25 20:43:37 · 2101 阅读 · 0 评论 -
GEO数据分析Step3
#kegg:基因功能存储在pathway数据库里rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~load(file = 'deg.Rdata')head(deg)## 不同的阈值,筛选到的差异基因数量就不一样,后面的超几何分布检验结果就大相径庭。logFC_t=1.5deg=nrDEGdeg$g=ifelse(deg$P.Value>0.05,'stab...原创 2019-09-27 23:20:18 · 1033 阅读 · 0 评论 -
KEGG基因富集分析
#kegg:基因功能存储在pathway数据库里rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~load(file = 'deg.Rdata')head(deg)## 不同的阈值,筛选到的差异基因数量就不一样,后面的超几何分布检验结果就大相径庭。logFC_t=1.5deg=nrDEGdeg$g=ifelse(deg$P.Value>0.05,'stab...原创 2019-09-29 15:13:46 · 14130 阅读 · 0 评论 -
画生存曲线
library("FactoMineR")library("factoextra")library(GSEABase)library(GSVA)library(clusterProfiler)library(genefu)library(ggplot2)library(ggpubr)library(hgu133plus2.db)library(limma)...原创 2019-09-30 19:17:52 · 1569 阅读 · 0 评论