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yum无法使用 : module doesn‘t match the current version of Python
问题描述:使用conda安装了新版本的Python3.8,并且把对应的动态函数库加入了ld.so.cache中(这是系统在软件运行时,用来搜索动态链接库的目录文件,具体见ldconfig的作用 & 编译时动态的链接问题 )。但是系统自带的是python2.7,并且使用python2.7构建的yum。当调用yum的时候,yum希望搜索到python2.7的动态链接库,但是因为python3.8的函数库是后加进去的,所以先被yum搜索到,因此报出了如下动态链接库版本不兼容的问题。There was原创 2021-05-08 10:31:17 · 713 阅读 · 0 评论 -
在DGX-A100上编译NWCHEM 的MPI+CUDA版本
1. 安装OpenBlas这是nwchem编译需要使用的库,从官网上下载源代码。 git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git #编译 make #安装到指定路径 make install PREFIX=/home/jrf/tools/openblas2. 安装OPENMPI网上搜索openmpi4.1.0稳定版本 链接解压,并进入解压文件夹mkdir build && cd buildconfigure 设置安装原创 2021-03-06 22:06:23 · 456 阅读 · 0 评论 -
Linux top 命令里的load average && linux top 命令详解
参考:理解Linux系统负荷原创 2021-03-04 20:30:13 · 406 阅读 · 1 评论 -
lscpu的查看方法
这是dgx A100工作站,以这个机器举例:CPU(S): 逻辑核心数Thread(s) per core : 每个物理cpu核包含几个线程,即逻辑核sockets : CPU的物理插槽数Core(s) per socket : 每个插槽上的物理CPU 核数NUMA node(s): 节点数。逻辑CPU核的组合形式,多个CPU组合形成一个numa节点,节点之间的通信速度低于节点内部的通信速度。NUMA node0 CPU(s): node0包含哪些逻辑CPU。这里node 0包含的逻辑原创 2021-03-04 20:08:37 · 1265 阅读 · 5 评论 -
使用conda安装openmpi编译nwchem
1 遇到如下错误:找不到libpthread.so.0configure:20418: checking whether FLIBS needs -lgcc_sconfigure:20443: cc -o conftest -m64 -Wall -O3 -funroll-loops -ffast-math -fopenmp -g -I. -I/home/apps/jinrf/nwchem-conda/nwchem/src/include -I/home/apps/jinrf/nwchem-cond原创 2021-03-02 10:16:38 · 1808 阅读 · 2 评论 -
anaconda 在集群上配置openmpi
1 首先安装openmpi所需要的编译器所需要的编译器有:x86_64-conda-linux-gnu-gccx86_64-conda-linux-gnu-g++x86_64-conda-linux-gnu-gfortran安装指令分别为conda install -c conda-forge gcc_linux-64 conda install -c conda-forge gxx_linux-64conda install -c conda-forge gfortran_linux-原创 2021-03-02 08:52:27 · 3992 阅读 · 0 评论 -
conda安装gcc后,“which gcc“没有任何输出信息
我想要使用conda 安装高版本的gcc,比如gcc9.3.0.当使用如下命令安装gcc之后,发现使用which gcc没有任何输出信息.conda install -c conda-forge但是,在/conda_PATH/env/my_env_name/bin这个目录下,找到了很多新生的可执行文件,名字类似gcc,例如下面这些x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gccx86_64-conda-linux-gnu-gccx86_64-conda_cos6-linux-gnu原创 2021-02-25 22:14:02 · 1732 阅读 · 0 评论 -
conda 创建环境\安装包\更新 出现http error 000
安装了anaconda3后发现安装软件\创建新的环境\更新都会出现下面的问题:CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json>Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.HTTP errors are often原创 2021-02-23 15:50:33 · 852 阅读 · 1 评论 -
在集群上配置cuda环境
一.GPU DRIVER 安装GPU driver 的版本要高于将要安装的cuda toolkit要求的gpu driver最低版本.并且安装需要管理员权限.集群上已经安装好了gpu driver,版本为450.80.02.二.cuda toolkit 安装原本准备使用conda来安装,但是安装后并没有nvcc.根据这里才知道, conda只是安装了一些runtime 函数库,因此选择手动安装.在nvidia官网上,根据driver的版本安装符合要求的cuda toolkit 最新版本,所有cuda原创 2021-02-21 19:24:58 · 2357 阅读 · 0 评论 -
focus_ci 运行Python转换文件出现问题
1、ModuleNotFoundError: No module named 'pip.download' when trying to install Python package 解决:Pip version should be reduced to 9.0.1 pip install pip==9.0.1参考原创 2021-01-24 20:01:10 · 143 阅读 · 0 评论 -
linux命令:复制/移动/删除 当前目录下除某些文件外的其他文件
命令find -maxdepth 1 \! -name example \! -name h2_hf \! -name . -exec mv {} example \;-maxdepth 搜索文件夹的最大深度,值为1则仅搜索当前目录下的文件夹,不去搜索子文件夹\! 这里面!表示搜索除了后面-name指定的文件/目录名之外的文件/目录,\表示对!的转义-name指定文件名`exec 是find命令的一个选项,表示执行后面的shell命令,以;结尾。其中\;里面的\同样表示对;的转义{}表示ex原创 2020-12-22 19:39:23 · 2469 阅读 · 0 评论 -
linux挂载相关的命令
1.查看已物理连接的硬盘(不一定挂载上了)fdisk -l可以看到下面的信息Disk /dev/sda: 1.8 TiB, 2000398934016 bytes, 3907029168 sectorsDisk model: Colorful SL500 2Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytesSector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytesI/O size (minimum/optimal): 5原创 2020-12-16 15:21:37 · 272 阅读 · 0 评论 -
ld 和 ld.so命令
参考:1.What’s the different between -L/libpath and /etc/ld.so.conf configure the libpath that compiling in gcc/g++2.Where do executables look for shared objects at runtime?运行ld.so负责在运行的时候搜索要链接的动态库。原创 2020-08-17 16:52:13 · 1754 阅读 · 0 评论 -
ldconfig的作用 & 编译时动态的链接问题
一. ld1.ld是干什么的 ld是GNU binutils工具集中的一个,是众多Linkers(链接器)的一种。完成的功能自然也就是链接器的基本功能:把各种目标文件和库文件链接起来,并重定向它们的数据,完成符号解析。动态链接库的命名规则在 Linux 中,共享库文件的命名规则为 libname.so.x.y.z。其中,lib 是共享库文件的固定前缀,而后面的 x、y、z 分别是主版本号、次版本号和发布版本号。主版本号不同的共享库是不能相互兼容的。如果主版本号相同,而原创 2020-08-14 21:43:11 · 1327 阅读 · 2 评论 -
windows 的linux子系统没有滚动条了[已解决]
问题 使用windows的linux子系统的时候,突然发现bash窗口的滚动条没有了,没有办法查看上面的历史纪录了,经过搜索发现如下解决方法:解决方法 右击-属性-布局,设置缓冲区高度为较大的值,我设置为最大值9999,这样实际上可以缓冲所有的命令,滚动条就出现了。ps:如果缓冲区高度小于窗口高度(在同一个设置页面),那么滚动条就会消失。参考链接:https://mlog.clu...原创 2020-02-20 15:46:25 · 1424 阅读 · 1 评论 -
BDF编译:明明链接了mpi的函数库还是报错“对mpi_init_未定义的引用...“//链接为可执行程序指定了库仍旧显示对函数未定义的引用【已解决】
问题在编译程序的时候,需要用到mpi的库,这里使用openmpi作为mpi的实现,在编译程序中需要用到mpi库的模块时,命令是这样的mpicc -o some_mod -lsome_lib ...大题就是用mpicc 将很多的中间文件链接成一个可执行程序,然后就会报错对mpi_init_未定义的引用对mpi_barrier_未定义的引用对mpi_final_未定义的引用...就...原创 2019-05-11 23:06:01 · 5740 阅读 · 2 评论 -
BDF编译:使用intel mpi库5.0.3版本+ifort2015-up5并行运行BDF出现程序卡住的问题【像是解决了】
问题在使用两个线程跑BDF的时候发现,程序会卡在调用mpi_reduce这一行不动。而且这一行代码会在迭代中调用两次,第一次没事,第二次就不行了。很奇怪。解决方法查了好久才发现英特尔官网有同样问这个的https://software.intel.com/en-us/forums/intel-clusters-and-hpc-technology/topic/607259这个链接里面的人也...原创 2019-05-11 16:23:22 · 598 阅读 · 0 评论 -
vim命令
在屏幕中找到需要的 一页 时,可以用下面的命令快速移动光标:H 光标移到屏幕上的起始行(或最上行);M 光标移到屏幕中间;L 光标移到屏幕最后一行。$ 右移光标,到本行的末尾;^ 移动光标,到本行的第一个非空字符。...转载 2018-04-16 16:53:28 · 79 阅读 · 0 评论 -
pbs管理系统
(1) qsub 命令—用于提交作业脚本 命令格式: qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix] [-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-M user_list][-N name] [-o path] [-p pri...转载 2018-05-05 22:52:37 · 1698 阅读 · 0 评论 -
一些shell符号
$#传递到脚本的参数个数$*以一个单字符串显示所有向脚本传递的参数,与位置变量不同,此选项参数可超过9个$$脚本运行的当前进程ID号$!后台运行的最后一个进程的进程ID号$@与$#相同,但是使用时加引号,并在引号中返回每个参数$-显示shell使用的当前选项,与set命令功能相同$?显示最后命令的退出状态。0表示没有错误,其它任何值表明有错误linux下echo命令详解(转)l...转载 2018-05-06 23:43:47 · 116 阅读 · 0 评论 -
pbs机群管理系统学习
学习机群管理系统,有一些没有来的及学习但是需要学的知识,在这里先放着,以后再来学注:推荐书籍 张林波等《并行计算导论》nfs文件共享可以使多台计算机使用一个公用的目录,只要在这里安装一次软件,就可以在所有的计算机上共同使用了。nis共享用户信息如名遇到的问题显示提供的hostfile中至少包含一个没有在配置内的节点名称原因:在使用-machi...原创 2018-05-07 00:32:40 · 349 阅读 · 0 评论 -
module-environment简单使用
前言 在linux下当对同一个编译器、运行库等有多版本的时候,如果每次编译都要去写上绝对路径就会很麻烦,使用module-environment来进行管理这些环境变量是比较方便的。安装 我是直接使用linux自带的官方软件源下载的sudo apt-get install module-environment介绍 安装完成后,会默认在/usr/share/module目录下产生一系列...原创 2018-05-16 15:59:59 · 11446 阅读 · 0 评论 -
scaLAPACK 学习笔记
进程分块和数据布局 对于现在的电脑,在分等级的内存中数据设计布局对于并行化的代码的表现十分重要,scaLAPACK对与数据的储存和进程的设计都有他自己的方案进程网格 一般的并行化代码的进程池都是一维的,但是在这里会从一维映射到二维,映射的顺序可以是以行优先排列或者以列优先排列,但是大多数情况下是使用行优先的规则。程序接口BLACS_GRIDMAP可以帮助用户定义进程的映射。...原创 2018-07-01 16:41:08 · 2790 阅读 · 4 评论 -
win10+deepin安装 && linux修改系统启动项
过程: 电脑是256的固态硬盘+500机械硬盘,机械硬盘安装win10的情况下在固态硬盘安装deepin15.7问题:1.成功安装之后找不到deepin的引导,不管是在开机时候按f12(acer)还是在Windows里面选择引导顺序。 关闭安全模式重新安装 2.成功安装之后开机直接进入win10,除非按f12(Acer)选择...原创 2018-09-13 15:27:42 · 7226 阅读 · 0 评论 -
fortran自学
学习fortran的笔记字符串操作文件操作子程序操作子程序与主程序之间的变量是相互独立的通过传递参数可以沟通主程序和子程序的变量关系,在子程序中也要定义一下变量的类型。传递参数是传址调用自定义函数real,external add external 声明add是一个函数而不是变量声明real function add(a,b)end使用c=add(a,b...原创 2018-10-18 16:04:28 · 523 阅读 · 0 评论 -
DHCP自动安装centos7
基于DHCP、PXE和kickstart自动安装设置CentOS 7.3中国科学技术大学超级计算中心 李会民http://hmli.ustc.edu.cn/doc/linux/centos-autoinstall.htm转载 2018-10-26 23:22:29 · 187 阅读 · 0 评论 -
安装centos 7的时候出现An Unknown Error Has Occurred
提示“An Unknown Error Has Occurred”,detail info最上面的那行,大概是提示exception “/usr/lib64/python2.7/site-packages/pyanaconda/bootloader.py”。出现这个信息时,可能是你的硬盘里面有些raid的数据,与安装程序发生了冲突,你要把你的硬盘格式化掉,一般可以用diskgenius工具,这个工...转载 2018-10-27 13:12:01 · 4854 阅读 · 0 评论 -
intel fortran 编译器linux下的安装问题 ./install.sh: 行 769: 14305 段错误已有[已解决]
问题--------------------------------------------------------------------------------Installing Intel IPP single-threaded libraries for IA-32: General packagecomponent... done------------------------...原创 2019-05-02 11:24:55 · 1372 阅读 · 1 评论 -
解释Fortran中的c_int32_T有什么用处
在Fortran代码中经常会看到这样的整数定义integer(kind=c_int32_T) :: aorinteger(kind=c_int_T) :: a其实这是为了使代码具有可移植性,好处有两点:1.在和c之间互传数据时候是安全的2.在代码移植的时候不会因为操作系统不同而使得相同数据所占位置大小不同因为fortran中不同类型数据所占的空间大小随着编译器不同而不同,而c语言的...原创 2019-05-10 18:06:09 · 840 阅读 · 0 评论