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原创 chipseq MACS2 call peaks 报错解决方法——创建虚拟环境

错误描述：macs2 callpeak -c SRR620208.bam -t SRR620204.bam -q 0.05 -f BAM -g mm -n SRR620204VS8bam文件已经跑好，下一步就要call peaks了，使用macs v2.2.7.1 出现错误：Traceback (most recent call last): File "/home/cns/miniconda3/bin/macs2", line 653, in <module> main...

2022-04-19 22:40:38 2008

原创调用FASTA基因组序列定点前200bp序列

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS#pragma warning(disable: 4996)#include <stdio.h>#include <string.h>int main(){ FILE* fp1 = NULL; FILE* fp2 = NULL; long int TSS = 5121314; char buff[62] = {""}; char buffpre0[61] = { "" }...

2021-12-11 12:34:57 566

原创批量寻找序列中的sg结合位点

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS#pragma warning(disable: 4996)#include <stdio.h>#include <string.h>void findGG(char tempGG[1001], int* Location);void complementation(char* ptemprev, int tempsize);void extractsg(char* temp, char* temprev,

2021-12-05 14:01:35 147

原创把一维字符串数组拷贝到二维字符串数组中

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS#include <stdio.h>#include <string.h>int main(){ char A[10] = { "ABCDE" }; int i = 0; char B[10][10] = { "" }; char C[10] = { "" }; while (i<10) { strcpy(B[i], A); i...

2021-12-05 09:20:05 523

原创如何在函数外调用静态局部变量数组——使用指针

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS // 这句话一定要写在开头第一行才有效果#include <stdio.h>#include <string.h>int* findGG(char tempGG[1001]);int main(){ char temp[1001] = { "AGTGACGCAGAGGCTGGAGACGACTCTACGGCGGCGAAGAGACGCGGGTTGAGGAAGAGGGACGGATTGC" }; i...

2021-12-04 23:16:07 941

原创用C语言从RNAseq基因表达矩阵中找出目标gene list的表达量并输出到新文件

#include <stdio.h>#include <string.h>#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 1int main(){ FILE* fp1; FILE* fp2; FILE* fp3; char* p2 = NULL; char Namebuf[31]; char Temp[31]; char buff[1001]; int i = 0; int j = 0;...

2021-11-24 16:08:46 736

原创 C语言：emsembl GTF文件文本数据截取特定数据然后读入结构体

#include <stdio.h>#include <string.h>#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 1struct gene{ char genename[10]; char gene_id[30]; char transcript_name[20]; char transcript_biotype[20]; char transcript_id[30]; unsigned long int ...

2021-11-03 16:25:24 461

原创 C语言读入中文文本文件txt乱码问题-应该设置为ANSI编码

截取了今天的一篇中文新闻和英文新闻作为test文件，分别使用ASNI，UTF-8等不同编码模式。使用如下代码读入一段文字然后输出到屏幕上。#include <stdio.h>#include <string.h>int main(){ char Border[100]={"---------------------------------------------------------------------------------------"}...

2021-10-21 23:18:44 3290

原创自己的第一个C语言程序实现Cas9靶序列自动输出为cacc-/aaac-的引物列表——20211020

#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include <string.h>#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGSchar *sg(char target[50])//从读入的一行字符串中调出20bp的target序列{ static char seq[25]= {""}; int i = 0; while (1) { if (target[i]=='...

2021-10-20 14:38:15 128

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