生信技能书生信入门班【Day2】-R语言的数据结构（数据框Dataframe、矩阵Matrix、列表List）

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R语言独特的变量保存格式：Rdata

用于储存有用的变量，准备下次使用

load之后可以把储存的所有变量load出来

练习题

# 练习2-4
# 说明：运行load("gands.Rdata"),即可得到和使用我准备的向量g和s，
load("gands.Rdata")
# 如有报错，说明你的代码写错或project没有正确打开
# 1.用函数计算向量g的长度
length(g)
# 2.筛选出向量g中下标为偶数的基因名。
 #（1）先取下标
seq(2,100,2)
#(2)取子集
g[seq(2,100,2)]
# 3.向量g中有多少个元素在向量s中存在(要求用函数计算出具体个数)？将这些元素筛选出来
# 提示：%in%
#(1) 考虑“存在”问题就首先考虑%in%方法,这会返回向量登场的T or F逻辑值
g %in% s
#(2)返回具体多少数目
table(g %in% s)
#(3)取子集
g[g%in%s]
# 4.生成10个随机数: rnorm(n=10,mean=0,sd=18)，用向量取子集的方法，取出其中小于-2的值
rds=rnorm(n=10,mean=0,sd=18)
rds[rds< -2]

?rnorm

为什么intersect的结果不对？理论上不是应该就是交集吗？

因为intersect没有去重复的能力，%in%是能够去重复的

rds=rnorm(n=10,mean=0,sd=18)
rds[rds< -2]

[1] 20.84536

输出结果是这样的？为什么？

因为小于号和减号连在一起<-就变成了标准的赋值符号了

所以应该在小于号和减号之间加一个空格
rds=rnorm(n=10,mean=0,sd=18)
rds[rds<   -2]
在小于号和减号之间加一个空格就可以破坏正统赋值符号了
[1]  -3.579152 -12.019122  -3.975316 -13.395748

数据类型分类：

Vector 向量——一维的

二维的“表格”——Matrix 矩阵：只允许统一的数据类型

data.frame 数据框——二维的，但是可以不一样的数据类型

list列表：就是个垃圾袋，什么都能丢进去，一个向量、两个数据框、一个矩阵，等等，都可以存放进去，我们对list的操作就是读取里面存储的某一个向量、某一个矩阵、某一个数据框，我们只对读取出来的东西进行操作，不对列表本身进行操作；

下面这个既可能是矩阵也可能是数据框，但是两者的操作方法不一样？具体操作时怎么判断这是什么呢？

1. 根据生成它的函数

2.用clas或is函数尽心判断

数据框Data.frame

数据框的来源

代码创建
已有数据转换或处理得到
读取一个表格文件：数据框和表格的区别？数据框约等于excel、csv等表格
R语言的内置数据：letters 和LETTERS，iris 和 volcano 这些数据可以在R studio中调用出来，但是在Microsoft Visual Coding里就调用不出来

class(volcano)
heatmap(volcano)
is.data.frame(iris)

x=iris
view(x)
#看数据框的一种方式

什么是数据什么是文件？

关闭r studio之后能不能找到，找不到的就是数据，能找到的就是文件

新建数据框和读取文件

从文件中读取数据框：

如果报错的话就是工作目录的问题，当gene.csv不在工作目录下时，就会报错

数据框属性

dim(df1) 提示四行三列

数据框取子集

这里的score可以自动补齐，列名可以被自动补齐

mean(df1$score) 对score一列取平均值

按行取子集会保留数据框属性，按列取子集的话会被处理成向量

【难点】数据框根据逻辑值取子集

把向量k放到行里了，df1[k,]，实现对行取子集

数据框的修改

新增一列和修改原数据框里的列的区别是：score是原有列名，但是p.value是原来没有的列名，没有的就是增加

【难点】删除变量

两个数据框的链接

merge by 一个共同的列名

Merge方法

test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon','Sophie'), 
                    blood_type = c("A","B","O","AB"))
test1
test2 <- data.frame(name = c('Damon','jimmy','nicker','tony'),
                    group = c("group1","group1","group2","group2"),
                    vision = c(4.2,4.3,4.9,4.5))
test2

merge(test1,test2,by="name")

当列名不完全相同怎么办？

方法一：修改数据的列名，调整列名以匹配自己会的代码

方法二：

test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon','Sophie'), 
                    blood_type = c("A","B","O","AB"))
test3 <- data.frame(NAME = c('Damon','jimmy','nicker','tony'),
                    weight = c(140,145,110,138))
merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME")

难点

数据框根据逻辑值取子集

矩阵和列表

矩阵

生成一堆数，然后按你给定的行、列数把生成的这堆数填充进去

m <- matrix(1:9, nrow = 3)

取子集方式类似dataframe

注意：不赋值就永远不会发生改变

m <- matrix(1:9, nrow = 3)
colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名
m
as.data.frame(m)
class(m)

m=as.data.frame(m)
class(m)

列表

新建列表

列表中的元素是可以随便往里面放，矩阵、向量、数据框都可以往里面丢

列表中取元素

列表中元素的名字-names()

疑问？

R中的实例标志符(case identifier)可以用row.names函数进行选定，也就是可以改这里的names？