Circos配置文件

作者简介

taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。

个人博客: https://ytlogos.github.io/

这篇文章主要来自于Circos的安装和简单使用,可以说是十分详细了。当然最好的文档还是官方提供的文档Circos。

Circos的配置文件准备

Circos的使用主要通过输入一个配置文件，改配置文件的主要内容以各种区块表示，大区块中可以包含小区快。区块中以”变量=值”的方式来进行参数的设定：

<links> <link>  file = data/set1.txt  color = black  ... </link> <link>  file = data/set2.txt  color = red  ... </link> </links>

有些配置文件不需要改动，比如颜色、字体等，一般将这类信息保存到一个独立的配置文件中。只需要在主配置文件中声明包含这些独立的配置文件名及其路径，即表示使用这些配置信息。最常用的放置到主配置文件尾部的数行。

设置生成的图片参数

<image> <<include etc/image.conf>> </image>

设置颜色、字体、填充模式的配置信息、

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

系统与debug参数

<<include etc/housekeeping.conf>>

Circos的使用参数

-version 查询Circos版本 -modules 检测perl模块 -conf <string> 输入主文件配置 -outputdir <string> 设置输出文件名，该参数的值以.png为后缀 -svg 生成svg结果文件 -nosvg 不生成svg结果文件

Circos配置文件详解

ideogram block显示染色体

将染色体在圈图上展示出来，代表每个染色体的图形，称为ideogram。将以下配置信息放入一个单独的配置文件中，命名为ideogram.conf