毕业设计---background

【毕设所需环境，任务，以及资源，概念规整】

-----------------环境(IDE)------------------------

【Eclipse + Maven + Git + Cytoscape】
Eclipse ：code tool
Maven：project management
Git: version control
Cytoscape：API


------------------任务------------------------------
【实现聚类分析（Cluster Analysis）】
FAG-EC、HC-PIN、K-means、Dpclus、Monet、IPC-MCE
 
【评估方法】
Basic Information、
C-Score (P-vlaue/recall/Precision/f-measure)
Comparison with known complexes / Sensitivity,Specificity


----------------------资源--------------------------------
【基因注释(Gene Annotation)】
GO(Process / Function / Componment)

MIPS--protein数据库

---------------------Concepts-------------------------
GO:Gene Ontology[基因本体论]
GO structure：DAG (Directed Acyclic Graph)
file format:*.obo(OBO format)/*.xml (XML format)
GO relationship : is a / part of / regulates
GO 有一个数据库
PPI (Protein-Protein Interaction 蛋白质相互作用)
SCM(Source Control Management)
GO由三个相对独立的本体组成，包括
【生物过程(biological process, BP)】
【分子功能(molecular function, MF)】
【细胞成分(cellular component, CC)】
三个本体完整描述了基因产物的生物特征。GO的结构是一个有向无环图(directed acyclic graph, DAG)，类似于树状图，GO短语的语义作为图中的节点，语义之间的关系作为图中的边。GO语义有两种相互关系，分别是is_a关系和part_of关系。GO数据库使用受控词和严格定义的概念关系，每一条GO短语可以看成是一条功能注释信息，每条功能注释都是对其祖先节点功能注释的进一步细化，注释到子孙节点的基因或蛋白质也必须具有其祖先节点的功能注释。
【DIP】Database of Interacting Proteins
用于蛋白质网络拓扑分析的蛋白质相互作用数据