教程 | Hey, Table 1 这么生成可以偷懒

Table 1一般是关于被试的summary statistics. 制作这个表，大概用过以下几种方式:

1. 数据导入SPSS，计算然后手动填入表格

2. 使用matlab代码统计信息，手动填入表格

3. 使用R的package生成表格

那天Excel已经准备好，正要打开matlab开始写code做统计的时候，我觉得应该有一个更好的解决方案。手动填写这些信息的话，筛选被试的条件发生改变时，意味着你将再一次手动填写同类内容。虽然Table 1往往是放到最后生成的，但是也难以避免需要多次反复生成的命运，所以还是使用code比较省心。btw，分析数据时的图表能用code就用code，手动参与的越多，修改的时候也越痛苦。

今天分享一个生成基本统计信息的软件包qwraps2.

其实这样的工具包有很多：

• arsenal

• qwraps2

• amisc

• table1

• tangram

• furniture

• tableone

• compareGroups

• htmltable

这些package的横评和使用见此文章：

大概内容就是哪个可以显示missing value，哪个只能生成html的形式，哪个的代码少更简洁。这些package的原理应该都大同小异，最后选择使用qwraps2的原因是它的使用逻辑清晰，在p值计算和重命名变量名称上有很多的flexibility，使用之后感觉疗效不错。

qwraps2使用流程

1. 定义输出的格式

   

   对于连续变量可以统计min/max/mean等信息，

   对于分类变量可统计个数和百分比

2. 生成表

   格式是 summary_table(data, summary_format)

   

   

   如果需要根据某个条件进行分类统计，使用dplyr的group_by即可

   

   

3. 按需增加p值的统计方式

   1. 计算连续变量的p值

      

      这里使用的是简单的线性模型

   2. 计算分类变量的p值

      

4. 增加p值

   

   

   原理是首先增加一列，然后查找相应的关键字，加入p值。这部分代码只对markdown的输出形式有效！这个软件默认的输出格式是latex，所以需要提前修改默认的输出形式。当然如果你选择自己写code查找替换latex的内容，也是可以的。。

   

5. 使用pandoc转化成docx

   之前步骤中看到的表其实是html显示markdown的效果，在R中的输出是这样的：

   Latex

   

   Markdown

   
   

   因此要将output粘贴到相应后缀名.md或者.tex文件中，使用pandoc转化成docx。

详情可以参阅该package的vignette

最后附上一个自己的example：

1. 定义输出格式

sex/handedness/BSL PDS计算个数和百分比

age/mean FD计算mean和SD

2. 生成表

3. 增加p值

age/mean FD使用简单的线性模型统计组间差异

sex/pds/handedness使用chi-square统计组间差异

这里根据需要选取统计方式

最后将输出复制到文件中，使用pandoc转换成docx

pandoc test.md -o test.docx

Bonus: Mann-Whitney-Wilcoxon Test使用这个fomular