北京大学生物信息学(3)

最新推荐文章于 2023-04-20 10:17:52 发布
最新推荐文章于 2023-04-20 10:17:52 发布
阅读量529 收藏
点赞数
分类专栏： 学习充电
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/leianuo123/article/details/115803567
版权
本文探讨了北京大学生物信息学课程中的关键概念，包括如何利用计算机识别序列相似性，通过相似矩阵进行多序列比对。重点介绍了BLOSUM矩阵在蛋白质比对中的应用，阐述了PAM矩阵的计算原理以及氨基酸相似性矩阵。同时，提到了Dot matrix方法在局部匹配中的作用和word size的概念，与全局匹配的动态规划方法进行对比。
摘要由CSDN通过智能技术生成

北京大学生物信息学(同源性，相似性，相似矩阵)
如何使用计算机来识别相似性，使用相似矩阵
在这里插入图片描述

多序列比对
蛋白质打分比对矩阵
常用的蛋白比对的算法BLOSUM
在这里插入图片描述

蛋白质的演化过程

PAM2表示从A2步到A的概率，如从A 2步到A 表示从A 1步到A、B、C，然后再1步到A的概率
在这里插入图片描述

关于PAM矩阵的计算，矩阵的乘法
在这里插入图片描述

氨基酸的相似性矩阵在这里插入图片描述
比对序列的差异大小，差异大常用BLUOSUM45，常用的是62，比较差异小，用BLUSOM80。

最低0.47元/天 解锁文章
forever luckness
关注
专栏目录
北京大学生物信息学(转录组)
leianuo123的博客
05-01 624
特征选择 启发式选择 前向选择 后向选择 双向选择 转录组测序 精度严重依赖于测序深度，因此需要对测序深度进行read 归一化。常用的方法是RPKM ，除了RPKM 外还有TMM，deseq,以及TPM。 除了测序深度外，还有练的特异性也会影响基因的表达，需要考虑基因的链的特异性。 常见的基因组mapping 的工具 Tophat 参数 -r 内部的插入片段 -G 是否需要参考基因组 文库的类型:不同的测序平台，建库的方式不同，因此，会决定测序结果是否分链 模拟数据集 Tophat 流
北京大学生物信息学课件
04-04
北京大学的生物信息学课件是一套全面而深入的学习资源，主要涵盖了生物信息学的基本概念、方法和技术。这个压缩包包含了多个章节的阅读参考资料，旨在帮助学生或研究者系统地理解和掌握这一领域的核心知识。 首先，...
北大生物信息学公开课学习(1)
leianuo123的博客
04-05 427
https://www.bilibili.com/video/BV1by4y1k7rc?from=search&seid=8006130703787982050 北大的生物信息学公开课 课程目录 信号通路的分析 常见KEGG 和GO 分析 基于已知的模型对未知的模型进行预测，主要是通过(隐)马尔可夫模型(HMM） 如何构建模型，训练模型和预测 如何通过MM 进行序列比对，如何利用HMM预测给定DNA 序列种的编码区域 使用MM 和HMM方法 G...
北京大学生物信息学笔记-第一周-生物信息学概述
GUET_DM_LQ的博客
05-17 654
什么生物信息学？ [1] 基因组：生命手册 [2] 人类基因组有31亿碱基对 [3] 碱基编码基因占~2.9% [4] ~97%的基因以前被称为是"垃圾“ [5] 他们包含编码指令的调节元素——什么时候，在哪里，制造多少蛋白质 Bioinformatics: an interdisciplinary field that develops and applies computer and computational technologies to study biomedical questions 生物信
北京大学生物信息学课程(5)
leianuo123的博客
04-18 412
北京大学生物信息学课程(5) 马尔可夫模型的学习 马尔可夫模型 未来的状态至于当前的状态和状态的转移概率有关，而与之前和过往的状态无关。 空位罚分 引入了Gap open 和Gap extending 序列的比对是一个状态的转换 有限状态机模型 马尔可夫链，俄国数学家安德雷·马尔可夫（Андрей Андреевич Марков）以纪念其首次提出马尔可夫链和对其收敛性质所做的研究 [5] 关于马尔可夫模型的常用场景 及简单代码 数学模型——初步理解马尔可夫链（Markov chain）https:
coursera北京大学生物信息学（第五-第六周）课程笔记
xjw的博客
03-31 887
如果觉得有用，谢谢点赞鼓励 课程笔记如果觉得有用，谢谢点赞鼓励第一课 新一代测序 第一课 新一代测序 主要讲解了新一代测序在DNA、RNA和蛋白质方面的应用。 并且测序结果包含了测序误差信息(转化为ASCII码)。 ／１和／２表示一条链的两头测序 ...
北京大学生物信息学-第三周-序列数据库 BLAST
GUET_DM_LQ的博客
05-18 1669
序列数据库 Genbank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 BLAST算法初
Coursera-北京大学生物信息学讲义PPT-完整版.zip
12-16
此讲义源自北京大学在Coursera上开设的生物信息学课程，旨在为学习者提供系统性的知识和实践指导。 【北京大学】作为中国顶级学府，其生物信息学课程具有权威性和深度，涵盖了从基础理论到实际分析技术的广泛内容。...
北京邮电大学-生物信息基础-第四次作业
06-04
隐马尔科夫模型是一种统计建模方法，常用于自然语言处理、语音识别和生物信息学等领域，它假设有一个不可见的状态序列影响着一个可见的观测序列。 描述中提到的好友的行为模式可以被建模为一个HMM。状态变量是好友...
BLOSUM62文件
05-22
POSSUM62文件--蛋白质序列打分矩阵文件。BLOSUM打分矩阵是一种在生物信息学中用于序列对比的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中，他们从BLOCKS数据库中对那些在高度保守序列中的蛋白质家族进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩阵中的分值。与PAM打分矩阵相比，BLOSUM打分矩阵的内容皆由观察得出。[1]在实际运用中，BLOSUM矩阵通常能获得更好的结果。
生信自学笔记（五）计分矩阵的实例
羊城迷鹿的博客
07-31 9248
氨基酸替换矩阵 PAM 替换矩阵 PAM（Point Accepted Multation) 是基于进化的点突变模型产生的，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个 PAM 就是一个进化的变异单位, 即 1% 的氨基酸改变，但这并不意味 100 次 PAM 后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基...
生信_双序列全局比对_动态规划打分矩阵推导
最新发布
CarolineK的博客
04-20 581
根据打分规则计算每一格的分数的方法很好记住，但是为什么这样打分，具体每一步是怎样来的，让缺乏想象力的博主一开始很费解，经过一晚上的写写画画，以下是我的个人理解：自定义打分规则：match = 1indel = -2序列S1：ACG序列S2：AGC最终打分结果，红色箭头指示每一步最优解：每一步拆解：
【生信】生物序列比对
weixin_40695088的博客
02-09 9149
1、生物序列比对介绍 2、序列比对算法 基于全局匹配的算法 （1）打分矩阵 （2）动态规划算法 （3）Needleman-Wunsch算法 基于局部匹配的算法 Smith-Waterman算法 Smith-Waterman算法与Needleman-Wunsch算法的区别 启发式搜索算法 BWT（(Burrows–Wheeler_transform)）算法 3、多序列比对介绍
生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现
热门推荐
baidu_41860619的博客
06-20 2万+
1. 什么是序列比对 所谓的序列比对，就是两个或者多个序列按照碱基排列进行比较，从而反映片段之间的相似性和阐明序列的同源性。这里主要是将未知功能的序列与已知序列进行比对，从而确定序列分析。序列比对的基本思想是，基于生物学中序列决定结构，结构决定功能的普遍规律，将核酸序列和蛋白质一级结构上的序列都看成由基本字符组成的字符串，检测序列之间的相似性，发现生物序列中的功能、结构和进化的信息 2. 引入序列比对的原因 对于两种相似的序列，DNA复制一共有三种情况可能导致两个序列不同: (1)SNP(单核苷酸多态性)，
生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解
baidu_41860619的博客
06-20 1万+
1. SW 算法简介 Smith-Waterman 算法是由 Temple F. Smith 和 Michael S. Waterman 两人在 1981 年提出来的，是 Needleman-Wunsch 算法的改良版，通过算法的比对，能获 取到局部最优解。SW 算法罚分规则如下: SW 算法罚分规则如公式 以罚分规则为基础，得分矩阵的公式如下，可以看到，和上篇介绍的NW算法相比，最大的改变是，多了一个0。这样做就可以杜绝得分矩阵中的负数。 获取得分矩阵后，找全局最大的值，在此点往左上回溯，到0停止，然
双序列比对的基础之PAM矩阵
weixin_43770577的博客
01-27 6441
双序列比对的基础之PAM矩阵  PAM矩阵的记分方法是基于蛋白序列中单点可接受(point accepted mutation, PAM)的概念，通过对蛋白质进化模式的研究而建立的。 PAM矩阵是由Dayhoff等人构建了与71个家族的序列关联的假想系统发育树，其中每对序列间的差异不超过它们残基总数的15%，用简约法建树，统计相似序列比对中的替换发生率来得到的。即，构建一个序列间相似度很高(通常...
BLAST原理和用法总结（一）
withbeginner的博客
04-12 1万+
linux生物信息技术课程笔记
PAM矩阵-可接受点突变得分矩阵
深未来技术
12-30 2941
生物信息学考研的学校推荐
02-15
2. 北京大学：该大学在生物信息学领域有着悠久的历史，并且拥有众多知名的学者和研究人员。 3. 复旦大学：该大学在生物信息学领域有着较强的研究实力，并且拥有多个与生物信息学相关的科研机构。 4. 上海交通大学...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值