likelet的专栏

netbeans是采用ANT对代码进行打包部署的，至于什么是ANT，可以参考下面博客链接http://www.blogjava.net/amigoxie/archive/2007/11/09/159413.html好吧，这都不是重点，重点是如何将我的java源代码和调用第三方类库编译打包到一个jar文件里面方便运行。第一步，选定你当前操作的项目第二步，打开build

由于连接测序仪的服务器不知道哪里抽了风，无法直接的生成fastq格式的文件，好久都无解，经过一段时间仍无法解决，所以采用曲线救国的方法，看能不能利用三方软件将bcl转换成fastq文件    google以后发现illumina的OLB（off-line Basecaller）软件可以实现从bcl格式转换成qseq格式，而qseq格式就可以通过简单的perl或者shell或者java脚本转换成

1. Sed简介sed 是一种在线编辑器，它一次处理一行内容。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有 改变，除非你使用重定向存储输出。Sed主要用来自动编辑一个或多个文件；简化对文件的反复操作；编写转换程序等。以下

有时候我们在做维护的时候，总会遇到类似于IO特别高，但不能判定是IO瓶颈还是软件参数设置不当导致热盘的问题.这时候通常希望能知道磁盘的读写速度，来进行下一步的决策.下面是两种测试方法：(1)使用hdparm命令这是一个是用来获取ATA/IDE硬盘的参数的命令,是由早期Linux IDE驱动的开发和维护人员 Mark Lord开发编写的( hdparm has been written

转http://yixf.name/2012/12/06/%E8%BD%ACencode30%E7%AF%87%E8%AE%BA%E6%96%87%E5%85%A8%E6%91%98%E8%A6%81-%E8%81%9A%E7%84%A6%E4%BA%BA%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%8A%9F%E8%83%BD%E7%A0%94%E7%A9%B6/作者：Z

转自：http://www.plob.org/2012/07/31/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera了。使用Aspera，最简单的方法当然就是使用浏览器插件Aspera Connect了，跟迅雷、Flashget的用法差不多，直接单

今天远程lab的PC的时候跑着跑着貌似图形界面挂掉了（win7）,能连上但是这边显示黑屏，于是就是想能不能通过远程命令行形式关闭远程的pc（我有远程PC的管理员权限），经过在线搜索引擎的帮助我采用下面办法成功的实现对远程电脑的重启首先在进入本机的cmd下接着在cmd窗口中输入：net use \\10.0.0.4$ /user:Administrator输入正确的密码，后提示联接成

转自 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4be5711f0101a41z.html一、单机测试。1、命令行方式：注册：mpiexec -register输入你当前登陆帐户名和密码，不注册的话每次执行程序都要求输入帐户和密码。运行：mpiexec -n 2 helloworld.exe这里用两个进程执行当前目录下的hel

转自：http://liucheng.name/379/　　NCBIRefSeq (美国国立生物技术信息中心参考序列库) 是目前世界上最具有权威性的序列数据库。NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析，基因表达研究，和多态发现提供一个稳定的参考点。

转自 http://abruzzi.iteye.com/blog/429042graphviz是贝尔实验室几个计算机牛人设计的一个开源的图表(计算机科学中数据结构中的图)可视化项目，主要用C语言实现，主要实现了一些图布局算法。通过这些算法，可以将图中的节点在画布上比较均匀的分布，缩短节点之间的边长，并且尽量的减少边的交叉。 graphviz提供命令式的绘图方式，它提供一个dot语言

同济GFOLD软件是一款根据mapping结果直接进行差异表达分析的软件，http://www.tongji.edu.cn/~zhanglab/GFOLD/index.html，文献中提到，该软件在分析无重复的转录组数据的时候，不以p值为计算依据，而是以GFOLD值作为标准筛选差异表达基因，命令也比较简单。国产软件还是支持一下。结果要优于其他DESeq、edgeR、cuffldiff等软件，故

分别来自http://baizheng.iteye.com/blog/37637和space.itpub.net/12350275/viewspace-682549下面是对UltraEdit的Help中针对查找替换使用正则表达式部分的整理，最后还有我前两天用到的一个多行代码查找替换的例子。Ultraedit在使用正则表达式进行查找替换时有两个可使用的语法集合。一个是 UltraEd

DESeq采用NB（负二项分布检验的方式）对reads数进行差异显著性检验，同时还增加了矫正由于长度引起的误差，估算基因表达量的方式采用basemean值来估算表达量（标准化以后）这里，我在R下安装DESeq包出现了一些问题帮助总结一下。首先，我的R是15.0版本打开R source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite（

转自好友http://blog.sina.com.cn/s/blog_4be5711f01013e4z.htmlR作为统计语言环境，自然是做统计分析不在话下，但是R同时提供了强大的绘图功能，从低级绘图到高级绘图都有。但是图片默认绘制在X11设备上，面对精美的图片，我们常常想保留下来，用于展示或发表。欲如此，我们可用R提供的其他绘图设备，将好图存起。可有两种行为：一是打开设备并设置相关参数，

看到朋友写的 觉得不错 就转载一下 记下来http://user.qzone.qq.com/805853418/blog/13462099540常见标记概览        ……框架集标记               ……浮动框架，详见第9章：框架               ……表单标记              ……控件输入标记

转自http://jliblog.com/archives/10R与JAVA的整合R是统计计算的强大工具，而JAVA是做应用系统的主流语言，两者天然具有整合的需要。关于整合，一方面，R中可以创建JAVA对象调用JAVA方法，另一方面，JAVA中可以转换R的数据类型调用R的函数，互相取长补短。现在也有一个项目JGR，用JAVA做R的图形界面，可以实现高亮显示自动补全等，还能让JAVA和R

XML文档 1、 什么是格式正规的XML文档：所以遵守规定的XML基本语法规则的文档（数据）都称为格式正规的XML文档。这类数据在使用时可以不使用DTD或模式来描述它们的结构，它们也称做独立的（或非DTD）XML数据，这些数据不能够依靠外部的声明，属性值只能是没有经过特殊处理的值或默认值。2、 一个格式正规的XML数据包含一个或多个元素，它们相互之间正确地嵌套，其中有一个元素，即文档元

本人在做芯片数据分析的时候遇到这种情况：筛出来差异表达的基因如何可视化成了问题，一般情况下不同软件对待差异表达基因的可视化有不同处理，这里重点讨论一下常见heatmap图的绘制。传统的方法采用R语言包里面的heatmap（）函数对其进行绘制，方法比较简单，如果要求较高可以采用这种方法来画图，但是操作起来会比较麻烦，可以参照这个网址进行操作http://flowingdata.c

tee名称：从标准输入中读取并同时写入到标准输出和指定的文件上总揽:    tee [Options]…… [File]……描述：    将标准输入复制到每个指定的文件File中，也输出到标准输出上选项：    -a,--append:不覆盖，而是追加输出到指定的文件中    -i,--ignore-interrupts:忽略中断信息    --help:显示帮

转自：http://zhangyuexing.7ta.cn/Article/12289/1441SAM 软件(Significant Analysis of Microarray)它是由 Standford 大学开发的一个免费软件, 目前广泛地被学术界所采用,进行挑选差异基因。SAM 软件可以作为插件在Office Excel 软件中进行应用,很容易被生物医学工作者掌握。SAM 软件进行分