【空间代谢】用`scikit-learn`结合SVM方法进行空间代谢组数据批次矫正的具体步骤介绍

使用 scikit - learn
结合支持向量机（SVM）方法进行空间代谢组数据批次矫正，主要基于有监督学习的思路，将批次信息作为标签，训练 SVM
模型来预测批次效应，再从原始数据中减去该效应以完成矫正。以下是详细的具体步骤及代码示例：

步骤 1：数据准备

首先，你需要准备好空间代谢组数据和对应的批次信息。数据通常以矩阵形式呈现，行代表样本，列代表代谢物；批次信息则是一个与样本数量对应的向量，指示每个样本所属的批次。

import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.svm import SVR
from sklearn.model_selection import train_test_split

# 读取空间代谢组数据，假设数据文件为 CSV 格式，第一行为列名，第一列为样本名
data = pd.read_csv('spatial_metabolomics_data.csv', index_col=0)

# 读取批次信息，假设批次信息文件为 CSV 格式，第一列为样本名，第二列为批次编号
batch_info = pd.read_csv('batch_info.csv', index_col=0)

# 提取批次信息
batch = batch_info['batch']

步骤 2：数据预处理

在训练模型之前，需要对数据进行预处理，以确保模型能够正常工作。这里我们将数据转置，使得每一行代表一个代谢物，每一列代表一个样本，同时将数据划分为训练集和测试集。

# 数据转置，使每一行是一个特征（代谢物），每一列是一个样本
X = data.T.values

# 划分训练集和测试集，测试集占比 20%，随机种子设为 42 以保证结果可复现
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, batch, test_size=0.2, random_state=42)

步骤 3：模型训练

选择合适的 SVM 模型并进行训练。在 scikit - learn 中，SVR（支持向量回归）可用于连续值的预测，这里我们用它来预测批次效应。

# 创建 SVM 回归模型实例
model = SVR()

# 使用训练集数据训练模型
model.fit(X_train, y_train)

步骤 4：预测批次效应

使用训练好的模型对所有样本的批次效应进行预测。

# 对所有样本（包括训练集和测试集）的批次效应进行预测
predicted_batch_effect = model.predict(X)

步骤 5：数据矫正

从原始数据中减去预测的批次效应，得到矫正后的数据。

# 从原始数据中减去预测的批次效应，完成数据矫正
corrected_data = data.sub(predicted_batch_effect, axis=1)

步骤 6：保存矫正后的数据

将矫正后的数据保存到文件中，以便后续分析使用。

# 将矫正后的数据保存为 CSV 文件
corrected_data.to_csv('corrected_spatial_metabolomics_data.csv')

完整代码示例

import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.svm import SVR
from sklearn.model_selection import train_test_split

# 读取空间代谢组数据
data = pd.read_csv('spatial_metabolomics_data.csv', index_col=0)

# 读取批次信息
batch_info = pd.read_csv('batch_info.csv', index_col=0)
batch = batch_info['batch']

# 数据转置
X = data.T.values

# 划分训练集和测试集
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, batch, test_size=0.2, random_state=42)

# 创建 SVM 回归模型
model = SVR()

# 训练模型
model.fit(X_train, y_train)

# 预测批次效应
predicted_batch_effect = model.predict(X)

# 矫正数据
corrected_data = data.sub(predicted_batch_effect, axis=1)

# 保存矫正后的数据
corrected_data.to_csv('corrected_spatial_metabolomics_data.csv')

注意事项

• 参数调整：SVM 模型有多个参数，如 C（惩罚系数）、kernel（核函数）等，这些参数会影响模型的性能。你可以使用网格搜索（GridSearchCV）或随机搜索（RandomizedSearchCV）等方法来寻找最优参数组合。
• 数据标准化：在实际应用中，对数据进行标准化处理（如使用 StandardScaler）可以提高模型的训练效果和稳定性。
• 模型评估：可以使用交叉验证等方法评估模型的性能，确保模型能够准确地预测批次效应。例如，计算模型在测试集上的均方误差（MSE）、决定系数（$R^2$）等指标。