转录组数据分析——从前期质量控制到mapping

最新推荐文章于 2024-09-13 21:53:25 发布
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文章标签： 转录组分析 linux
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本文链接：https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52062323
版权
本文详细介绍了转录组数据分析的过程，从利用FastQC进行数据质量检查，发现并解决Per base sequence content和Adapter Content问题，通过NGSQCToolkit_v2.3.3进行trimming，再到使用tophat2进行mapping。每个步骤都提供了相应的处理方法和命令，确保数据质量并顺利进行后续分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量

得到html文件，打开后如图


如图红叉部分是我们进行质量控制的关键，如Per base sequence content，现在是这样的


此处需要处理，方法是trim掉前15bp。

又如Adapter Content，现在是这样


需要去接头

2，clear reads ，处理reads不是一步完成，正对FastQC的结果，我们需要切掉reads左端15bp，使用软件是

NGSQCToolkit_v

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