贝叶斯画树

最新推荐文章于 2024-03-11 21:56:52 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： linux 
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mpirun -np 8 ./mb
MrBayes > execute example.nex
MrBayes > mcmc nchains=8 ngen=1000000 samplefreq=1000 printfreq=500 diagnfreq=5000

MrBayes > sump burnin=250     #burnin值为 (ngen / samplefreq) * 0.25 
MrBayes > sumt burnin=250

Ctrl C    #结束运行#

寻找 nxs.con.tre 后缀的文件，figtree打开 


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biolxy
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专栏目录
Python 机器学习 基础 之 监督学习 [朴素贝叶斯分类器] / [决策树] 算法 的简单说明 / [graphviz] 绘制决策树
仙魁XAN
05-14 1033
Python是一种跨平台的计算机程序设计语言。是一种面向对象的动态类型语言，最初被设计用于编写自动化脚本(shell)，随着版本的不断更新和语言新功能的添加，越多被用于独立的、大型项目的开发。Python是一种解释型脚本语言，可以应用于以下领域： Web 和 Internet开发、科学计算和统计、人工智能、教育、桌面界面开发、软件开发、后端开发、网络爬虫。Python 机器学习是利用 Python 编程语言中的各种工具和库来实现机器学习算法和技术的过程。
贝叶斯树与贝叶斯网络的关系_贝叶斯网络与圣彼得堡
cumei1658的博客
07-12 1966
贝叶斯树与贝叶斯网络的关系A couple of weeks ago we walked through how petersburg represents complex decisions (check it out here). 几周前，我们介绍了彼得斯堡如何代表复杂的决策（请在此处查看 ）。 Some of you may have recognized a familiar conc...
贝叶斯，决策树
m0_50207094的博客
07-29 1346
学习目标 掌握分类问题里最普遍算法： Naïve Bayes Nearest Neighbour Decision Trees Neural Networks（之后） 课堂笔记 朴素贝叶斯 朴素--假设条件独立，而不是独立，即。 贝叶斯即P(B)称为先验概率，是凭经验得出的概率，例如中老年得高血压的概率为x%。先验概率可以直接用来预测，但是没有把特殊情况考虑进去，例如经常运动的中老年人得高血压的概率就低，因此需要算出后验概率来进行预测。P(A|B)也是题中根据样本数...
【论文阅读】iSAM贝叶斯树相关内容理解与学习
qq_35158703的博客
09-20 2055
isam系列以及贝叶斯树论文分析及阅读笔记
数学之美番外篇：平凡而又神奇的贝叶斯方法（转自刘未鹏）
dgglx的专栏
11-02 5302
概率论只不过是把常识用数学公式表达了出来。——拉普拉斯记得读本科的时候，最喜欢到城里的计算机书店里面去闲逛，一逛就是好几个小时；有一次，在书店看到一本书，名叫贝叶斯方法。当时数学系的课程还没有学到概率统计。我心想，一个方法能够专门写出一本书来，肯定很牛逼。后来，我发现当初的那个朴素归纳推理成立了——这果然是个牛逼的方法。——题记目录0. 前言 1. 历史     1
画图理解贝叶斯公式
qq_22772259的博客
08-26 902
可以把概率量化为距离画图进行理解
Linux多线程贝叶斯建树教程,构建系统发育树：贝叶斯法建树
weixin_30873333的博客
05-11 2203
写在前面：我对建树也是一知半解，这里只是想记录一下自己跟别人学习的建树方法，可能不具有普适性。但毕竟写在公众平台，大家自主参考。用phylosuite进行.nex文件的准备，用在线建树网站CIPRES(http://www.phylo.org/)进行贝叶斯方法建树。1文件的准备在这里我用自己的已经进行过多重比对(跑过mafft)的序列文件(.fasta)开始进行建树。用phylosuite准备用于...
人工智能笔记4---决策树&朴素贝叶斯Decision Tree & Naive Bayes
qq_45348785的博客
02-25 643
人工智能 决策树 朴素贝叶斯
朴素贝叶斯；决策树（离散） example.zip
最新发布
04-25
由于这种决策分支画成图形很像一棵树的枝干，因此得名决策树。在机器学习中，决策树是一个预测模型，代表的是对象属性与对象值之间的一种映射关系。 决策树的应用场景非常广泛，包括但不限于以下几个方面： 金融...
机器学习实践———朴素贝叶斯、决策树
gagaki的博客
06-18 1181
目录朴素贝叶斯分类器决策树1、构造决策树2、控制决策树的复杂度3、决策树可视化4、树的特征重要性决策树集成 朴素贝叶斯分类器 与线性模型相似，相比起来训练速度更快，但是模型泛化能力稍差。高效的原因是通过查看每个特征来学习参数，从每个特征中收集简单的类别统计数据。 sklearn中实现了3种朴素贝叶斯分类器： GuassianNB：高斯贝叶斯分类器，应用于任意连续数据。保存每个类别中每个特征的平均值和标准差。 BernoulliNB：伯努利贝叶斯分类器，输入数据是二分类数据。计算每个类别中每个特征不为0的元
Mrbayes进化树分析教程
05-08
非常经典的进化树构建程序教程以及本人的使用心得
贝叶斯树增量式更新的细嚼慢咽
Robotics_Notes
03-11 1195
Kaess 等人在论文 “The Bayes Tree: An Algorithmic Foundation for Probabilistic Robot Mapping”[1]中提出了一种新型的数据结构 ——贝叶斯树 (Bayes Tree)之前的博文对贝叶斯树的特性进行了介绍, 也介绍如何基于已获得的贝叶斯网络构建贝叶斯树.本篇博文应用实例介绍在获得新的因子 (如测量因子、里程计因子、GPS因子等) 后贝叶斯树的增量更新算法。
贝叶斯树定义与构建的寻行数墨
Robotics_Notes
03-06 1349
之前博客写到 SLAM 问题的因子图建模以及因子图计算中通过消元获得贝叶斯网络的过程. 这里我们继续跟着原作者的研究一起看看并记录一下.Kaess 等人在论文 “The Bayes Tree: An Algorithmic Foundation for Probabilistic Robot Mapping”[1]中提出了一种新型的数据结构 ——贝叶斯树 (Bayes Tree)本篇博文中,- 先简单翻译原作者对贝叶斯树的介绍, 以了解该数据结构的特性;- 然后应用实例。
没有ggplot这个函数_那些年，我们追过的似然函数【2】贝叶斯估计、MCMC估计法、分层贝叶斯模型...
weixin_39951018的博客
12-07 751
大部分人的爱情不是像柯景腾那样子一股脑的就去追小B了。而是循序渐渐式地慢慢试探，互相表达好感，然后再进一步努力最终走到一起的。所以小A现在要从新手模式进入简单模式，也就是用贝叶斯的思想来优化估计自己的似然函数。贝叶斯回归图示第一，先说一下最基本的贝叶斯估计步骤，还是小A估计似然函数 我们要把右边的函数拆成两个部分，先验概率部分（prior distribution） 和实际数据部分（eviden...
拓端tecdat|R语言贝叶斯推断与MCMC：实现Metropolis-Hastings 采样算法示例
大数据部落
03-22 1634
示例1：使用MCMC的指数分布采样 任何MCMC方案的目标都是从“目标”分布产生样本。在这种情况下，我们将使用平均值为1的指数分布作为我们的目标分布。所以我们从定义目标密度开始： target = function(x){ if(x<0){ return(0)} else { return( exp(-x)) } } 定义了函数之后，我们现在可以用它来计算几个值（只是为了说明函数的概念）： target(1) [1] 0.3678794 target(-
Linux多线程贝叶斯建树教程,使用贝叶斯方法构建系统发育树—MrBayes
weixin_42620340的博客
05-11 3176
mrBayes需要的比对文件格式为：nex，可以在比对是选择输出此种文件格式mtBayes可以在命令提示符里面运行在CMD里面输入mrBayes，出现如下界面在界面内输入exe file(或者execute file，其中file为序列文件名)，得到如下界面如果没有错误，则说明数据文件格式是正确的。设置替换模型参数可以使用help lset查看lset设置的参数Nucmodel:指的是核酸的类型。...
再学贝叶斯网络--TAN树型朴素贝叶斯算法
走在前往架构师的路上
07-05 1万+
前言在前面的时间里已经学习过了NB朴素贝叶斯算法， 又刚刚初步的学习了贝叶斯网络的一些基本概念和常用的计算方法。于是就有了上篇初识贝叶斯网络的文章，由于本人最近一直在研究学习>，也接触到了许多与贝叶斯网络相关的知识，可以说朴素贝叶斯算法这些只是我们所了解贝叶斯知识的很小的一部分。今天我要总结的学习成果就是基于NB算法的，叫做Tree Augmented Naive Bays，中文意思就是树型朴素贝
使用MrBayes构建贝叶斯系统发育树【实践】
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rainforestist的博客
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建树是分子系统发育与进化研究中绕不过去的一道坎，本文就本人实际经验介绍贝叶斯树的实际操作： 基于不同原理的系统发育树构建方法的比较 Bayesian Inference (BI）建树 需要使用的软件包括: PAUP、SequenceMatrix、MrModeltest、Mrbayes软件 数据准备 1.1 数据格式转换 将fasta数据格式转为nex文件格式，可使用MEGA等软件。 1.2 为nex格式文件添加MrModelblock命令文本 2. 使用Paup计算Sco..
画进化树的软件都有哪些
05-27
目前常用于画进化树的软件有很多，以下是一些常见的软件： 1. MEGA：MEGA是一款功能强大的生物信息学软件，可以用来进行分子进化分析和构建进化树。 2. PAUP：PAUP是一款专业的系统发育分析软件，可以进行多种分子...
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