编辑距离问题(2)——DNA序列对齐

编辑距离问题是对其两个DNA序列问题的一般化，有许多通过对齐的方法来度量两个DNA序列的相似度。其中一种对齐方式是在两个序列x和y之间插入空格（包括两端），使得序列结果x'和y'有相同的长度而且不在同一位置均为空格（也就是说，没有位置j使得x'[j]和y'[j]均为空格）。然后给每个位置一个“分数”。位置j以如下方式得到一个分数：

+1 ，如果x'[j]=y'[j]而且都不是空格；

-1   ,如果x'[j]！=y'[j]而且都不是空格；

-2 ，如果x'[j]或者y'[j]是空格；

以上摘自《算法导论》p219，现给出两个DNA序列，求出两个DNA序列的对其方式使其分数最大。

这个转换我最初是没有想到的，但是看了别人的说明百度文库，最初看完以为上面说的有点不大对，但是仔细分析了一下，觉的真是巧妙啊：

cost(copy)=-1                复制操作，相当于对齐后x'[i]=y'[i],分数+1

cost(replace)=+1          替换操作，相当于对齐后x'[j]!=y[j],分数-1（都不为空格