<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[lyyaaaaa的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.csdn.net/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; lyyaaaaa]]></copyright><item><title><![CDATA[Ubuntu中pycharm不能输入中文解决]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/156756007</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/156756007</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Fri, 09 Jan 2026 11:14:05 +0800</pubDate><description><![CDATA[然后重启pycharm即可。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[pip安装hic-straw]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/147499364</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/147499364</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Fri, 25 Apr 2025 09:32:14 +0800</pubDate><description><![CDATA[亲测有效。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[chip-seq处理]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/142459754</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/142459754</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Tue, 24 Sep 2024 13:31:58 +0800</pubDate><description><![CDATA[2. bedtools合并生物重复。1. macs3识别。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[常见组蛋白修饰汇总]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/142410882</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/142410882</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Sat, 21 Sep 2024 09:29:14 +0800</pubDate><description><![CDATA[组蛋白修饰的峰形特征也大致呈现为两类：Narrow和Broad，其中H3K9me3例外。宽峰形的组蛋白使用macs2做peakcalling时，添加--broad以便得到更符合实际情况的结果。组蛋白修饰的功能大致分成两类：活化，对基因的转录表达起促进作用；阻遏，对基因的转录起抑制作用，典型的代表为H3K27me3。这个很多说法不一，欢迎讨论。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[chip-seq识别增强子，超级增强子]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140173885</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140173885</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Sun, 14 Jul 2024 18:10:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[上面没有要求的列，内容可以为空或者原来的内容，但是一定要有这列，如果第2列和第9列的内容不同，ROSE将使用第2列的值。（2）安装后，准备文件：peaks的gff文件，这个peak是MACS3 call peak 之后生成的peaks文件。1. 首先下载SRR数据（这里举一个例子，其他的类似）（1）第一步先安装rose（可以参考下面的链接）将生成的bw文件（标准化后的导入）导入IGV。第7列：正负链信息（+, -, .）第2列：每个增强子区域的特定id。第9列：每个增强子区域的特定id。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[pycharm远程连接服务器conda executable找不到问题]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140134788</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140134788</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Tue, 02 Jul 2024 19:31:18 +0800</pubDate><description><![CDATA[找见对应的anaconda的安装位置（或者mambaforge一样的），点击condabin-->conda。再点右边的load environments就可以加载创建好的环境了。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[IGV可视化（导入自己的参考基因组和注释文件）]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140064114</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140064114</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Sat, 29 Jun 2024 16:05:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[值得注意的是导入自己的参考基因组并不能根据基因名去定位，所以需要导出基因所在的位置，根据位置去查询。点击File-->load from file加载.sorted.gtf。这里我加载的依然是hg19,只是示范流程，换成自己的参考基因组就行。此时看上去什么都没有，但是这时候选择一条具体的染色体就会出现东西。这步是创建索引，点Go创建索引，会多一个以idx结尾的文件。会多生成一个hg19.fa.fai文件。会多生成一个.sorted.gtf文件。注意查找基因的时候，后面冒号是英文。加载sorted.gtf。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[处理RNA-Seq从fastq到表达矩阵]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140007081</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140007081</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Thu, 27 Jun 2024 15:18:36 +0800</pubDate><description><![CDATA[先解压gunzip SRR13755394.fastq.gz（其他类似）4. 索引参考基因组（选用STAR）......其他的类似自行下载。5. 创建map.sh比对。6. 计数count.sh。7. 合并merge.sh。1. 先下载SRR数据。2. 数据过滤及质控。3. 准备参考基因组。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[安装macs3]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140006278</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/140006278</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Thu, 27 Jun 2024 10:18:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[这里我采用的是mamba，大家可以换成conda。3. 安装macs3。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[超详细gpu版HICCUP安装与配置/Jcuda安装与配置]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/139848067</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/139848067</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Fri, 21 Jun 2024 10:04:42 +0800</pubDate><description><![CDATA[链接：https://pan.baidu.com/s/1teK40Tk2CHLU4NIZ4HP4tA。2. 第二步安装java。1. 第一步首先安装cuda，这里安装cuda10.1版本。按空格取消Driver安装，往下选择Install安装。JCuda-All-10.1.0.zip上传到服务器中。3. 第三步下载对应的jcuda10.1版本。可以看到有一个进程在使用gpu。4. 安装juicer。下载好上传到服务器中。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[安装HiCexplorer]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/139095345</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/139095345</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Tue, 21 May 2024 16:12:46 +0800</pubDate><description><![CDATA[这里我下载的Mambaforge-23.3.1-1-Linux-x86_64.sh。3.新建环境安装hicexplorer。2. 下载对应版本的mamba。1.先查看conda版本。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels解决办法]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/139072348</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/139072348</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Mon, 20 May 2024 18:31:02 +0800</pubDate><description><![CDATA[亲测有效，适用于本人。然后就可以继续安装了。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[超超超完整hicpro安装和使用教程]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/134976360</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/134976360</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Wed, 13 Dec 2023 17:44:40 +0800</pubDate><description><![CDATA[上一篇博文记录了hicpro在服务器的安装教程，各种依赖都是手动安装，这篇换了一种方法实现，原理都是一样的。3. 进入HiC-Pro-3.1.0配置config-install.txt。11. 配置config-hicpro文件，复制到hictest项目文件夹下。1. 下载并解压安装包（/student2/software）12. conda 安装 aspera（用于快速下载数据）此时多了一个config-system.txt。7. 配置环境变量（退出虚拟环境）如有问题欢迎批评指正！8. 下载参考基因组。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[HiC-Pro详细安装教程]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/134727102</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/134727102</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Fri, 01 Dec 2023 10:25:29 +0800</pubDate><description><![CDATA[最近在服务器上安装hic-pro，借鉴了网上很多教程，遇到了很多问题，在此记录一下。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[安装vitables,回车却没反应问题解决]]></title><link>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/134499837</link><guid>https://blog.csdn.net/lyyaaaaa/article/details/134499837</guid><author>lyyaaaaa</author><pubDate>Mon, 20 Nov 2023 09:22:37 +0800</pubDate><description><![CDATA[经过了解，vitables可以可视化hdf5文件，也就是.h后缀文件。问题：安装好命令行里输入vitables回车没反应。查看版本发现vitables是3.0.3版本。将vitables换为3.0.2版本成功解决。如有错误，欢迎批评指正。]]></description><category></category></item></channel></rss>