31、终端命令行输入
id addr show
bash /pash/ctrl_alt_ap.sh
可以看到我的IP地址是10.0.2.15
没有连接服务器,正常情况下看到的是服务器的IP地址
连服务器需要内网,要去学校才能用,Filezilla传文件
2、可以在Virturalbox中Ubuntu系统的设置界面里的共享文件夹设置一下,编辑共享文件夹的名称、路径,选择自动挂载,然后在Ubuntu的终端界面输入:
sudo mount -t vboxsf share(“shared_file”,这个是刚才填写的文件夹名称) /home/hxy/Desktop/1("dictionary",这个是在虚拟机的系统中新建一个文件夹的路径,用来存放共享文件)
敲完命令后可以查看到本地的文件在虚拟机中也显示出来了
3、Linux的一些基本操作:
ls -lh /home/hxy/Desktop/1/rnaseq-trainging.zip (使用绝对路径查看文件信息)
ls -lh /
ls -lh ~ (家目录)
cd linux_basic/DATA (转到那个目录)
pwd (打印当前所在目录)
cd .(当前目录)
cd ..(上级目录)
cd ../.(上上级)
命令 选项 参数
cat READ.md(查看小文件内容)
less atha.gff(查看大文件内容)
q键退出
less -N atha.gff(显示结果中增加行号)
less -N -S atha.gff(显示结果中增加行号,整齐排列不乱码、不换行)
wc head.fasta(查看有几行)
去某个文件的第400行至500行,放到另外一个文件中:(使用重定向)
head -n 500 atha.gff >temp.gff
tail -n 101 temp.gff>subset.gff
rm temp.gff
法二:应用管道:
head -n 500 atha.gff | tail -n 101 >subset.gff
查看文件中有多少个“>”:使用grep命令:
方法一:grep ">" atha.fasta |wc
方法二:grep -c ">" atha.fasta
检查大豆中的基因是否有重复,如果有,找出来:
sort(分类)、uniq(去除重复)
grep ">" gmax.fasta |sort |uniq |wc
编辑文件:
vi READ.txt
i:编辑模式;dd:删除原来的;u:撤销上一步操作;保存文件时:按Esc键后,按:wq(即保存退出);若按:q!(为不保存退出)
四、Vim中三种替换方式:
(1)1、替换光标所在行的第一个:(例如把该行的tv换成cn)
:s/tv/cn
2、替换光标所在行的所有:
:s/tv/cn/g
3、替换文本中的所有:
:%s/tv/cn/g
(2)-a表示可以看到隐藏文件
mv表示替换(把前者替换成后者)
mv READ.md .READ.md
(3)压缩文件:
zip gmax.fasta
解压文件:
gunzip gmax.fasta
把所有的某个格式下的文件打成一个压缩包:
tar -c -f all.gz *.fasta
再把这个包解压缩:
tar -x -f all.gz
打包一步完成:
tar -zcvf all.tar.gz *.fasta
解包一步完成:
tar -zxvf all.tar.gz