扩展连通性指纹 或 摩根指纹 学习

最新推荐文章于 2024-05-31 18:57:19 发布
最新推荐文章于 2024-05-31 18:57:19 发布
阅读量694 收藏 1
点赞数
文章标签： python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_47163076/article/details/120603488
版权
本文介绍了扩展连接指纹（ECFP）的生成过程，包括使用哈希函数的初始阶段，特征更新，去重阶段以及最终形成位向量的步骤。去重阶段确保了特征列表的独特性，而位向量则将所有标识符精简为紧凑的表示形式。此技术主要应用于化学信息学和药物发现领域，用于描述分子结构。
摘要由CSDN通过智能技术生成

参考国外的一篇文章 ：了解扩展连接指纹 (ECFP) 的初学者指南

ECFP生成过程：
1，初始阶段
散列函数（哈希函数，Hash Function）

2，更新阶段
3，去重阶段
第三阶段从我们生成的特征列表中删除重复的特征。最好用一个适当的例子来解释这一点，所以我们稍后会详细解释这一点。
4，形成位向量
一旦计算出指定迭代次数的所有标识符，最后一步是将这些标识符减少为位向量。

m0_47163076
关注
扩展连通性指纹（Extended Connectivity Fingerprints，ECFPs）原理介绍
最会设计的科研狗
04-17 8102
文章目录一、简介二、应用三、特性四、与路径指纹的对比五、表示方法1.整数标识列（list of integer identifiers）2.定长比特串（fixed-length bit string）六、生成流程1.初始化原子标识符2.标识符的迭代更新3.标识符去重七、参数设置1.主要参数2.原子属性八、功能基指纹九、特征可视化十、rdkit计算ECFPs 一、简介 本文参考自ChemAxon的介...
指纹识别算法源代码（C语言）
05-28
指纹图像增强、求方向图、二值化、细化、特征提取、特征匹配等算法的c语言源程序，还有实例演示
Neuraldecipher-逆向工程：从扩展连接性指纹（ECFPs）到其分子结构
weixin_40551464的博客
08-17 1290
保护分子结构，使其不被外界所知，对工业和私人协会（如制药公司）来说具有重要意义。在外部合作时，将分子结构编码为描述符，并以此来交换数据集是很常见的。因为诸如扩展连接性指纹（ECFPs）等分子指纹通常在定量结构-活性关系任务中表现良好，所以我们经常使用这种描述符进行交换。由于ECFPs的计算方式，它们通常被认为是不可逆转的。在本文中，我们提出了一种快速的逆向工程方法，来基于给定的ECFPs推导其分子结构。...
ECFP、FCFP和SMILES的内在原理
weixin_40551464的博客
05-15 6878
指纹是一种非常有用的低分辨率的分子表征，其形式多种多样。在过去几十年中，指纹已被应用于解决各种问题。扩展连通性指纹（Extended Connectivity Fingerprints，ECFP）是当下最广受使用用于构建化合物定量构效关系（QSAR）模型的分子指纹。 ECFP 于 2000 年随着 Pipeline Pilot 的发布而首次引入。在 RDKit 中，ECFP 指纹又叫 Morgan 指纹，其原因为ECFP的核心思想来自于 Morgan 算法，该算法试图为分子中的每个原子分配一个唯一的、连续的
ECFP及FCFP的计算过程及python从头实现
weixin_52812620的博客
09-07 2181
分子指纹ECFP和ECFP的计算实现，细节和注释拉满了，心满意足
特征工程技巧——OneHot编码
最新发布
Jochen12345的博客
05-31 686
我们以Kaggle比赛里面的一个数据集跟一个公开代码为例去解释我们的OneHot编码。独热编码的主要优点是它将类别之间的关系消除，使得数据更适合用于机器学习算法，因为它避免了算法误认为类别之间存在顺序或距离关系。
DeepChem教程4:分子指纹
lishaoan77的专栏
03-01 8457
分子可以用多种方法表示。本教程介绍一种方法叫做"分子指纹（molecular fingerprint）"，这是一种简单的表示主法，对于小分子类药物来说通常工作得很好。 In [1]: import deepchem as dc dc.__version__ Out[1]: '2.4.0-rc1.dev' 什么叫指纹？ 深度学习几乎总是以数组作为它们的输入。如果我们要用深度学习来处理它们，我们需要一个或多个数组来表示分子。许多（不是所有）的模型要求它们...
opencv指纹识别FVS_opencv_指纹识别_VC++
04-14
OpenCV中的Canny边缘检测或Hough变换可以用于检测纹线，而连通组件分析则有助于识别特征点。 3. **模板匹配**：在特征提取后，我们可以将指纹转换为模板，用于后续的匹配过程。OpenCV提供了多种匹配算法，如Brute-...
zhiwenshibie.rar_matlab指纹匹配_zhiwenshibie_指纹特征匹配_指纹识别matlab_指纹识别匹
09-24
指纹识别技术，作为一种生物特征识别方式，因其独特性和稳定性，在身份认证、安全防护等领域广泛应用。本教程将详细阐述一个基于MATLAB实现的指纹识别程序，涵盖预处理、特征提取和匹配等多个关键步骤。 一、指纹...
指纹识别基于模板匹配算法解决指纹识别问题matlab源码.rar
01-08
总的来说，基于模板匹配的指纹识别系统通过MATLAB实现，能有效且快速地进行指纹验证，具有较高的准确性和实用性。然而，这种方法可能对指纹图像的质量要求较高，并且对于复杂或模糊的指纹可能识别效果不佳。因此，...
FingerprintCalculator:摩根指纹计算器
06-29
指纹计算器 用于生成圆形摩根指纹的 Python 类集合。 这些类可以在 python 中独立使用，也可以与它们集成的脚本一起使用。 为此，请键入：./FingerprintCalculator.py -help 指纹以二进制和计数格式计算。 此外，指纹可以是： Hashed：用户定义的固定长度。 可能会出现碰撞。 未散列（键控）。 指纹中的每个位置只对应一个化学亚结构。 这些类和脚本允许知道在每个位置映射了哪些化学子结构，因此如果用于预测建模研究（例如 ，可以解释指纹和化学空间的解卷积 ）。 请与我联系以获取更多详细信息、反馈或帮助。 谢谢 ！ 例子 ./FingerprintCalculator.py -bits 256 -radii 1 2 3 -mols Compounds.sdf -output Compound_fps -RDkitPath $RDBASE
Rdkit|化学指纹（fingerprint）
发呆的比目鱼的博客
07-12 5532
Rdkit|化学指纹（fingerprint）
如何使用RDkit计算Morgan指纹并对其进行可视化
weixin_40551464的博客
05-17 4076
Morgan指纹中更广为人知的是圆形指纹，该指纹是通过将 Morgan 算法应用于一组用户提供的原子不变量而构建的（具体原理参考上一条帖子）。 生成 Morgan 指纹时，还必须提供指纹的半径。Morgan指纹，例如原子对（atom pair）和拓扑扭转（topological torsions），默认使用计数，但也可以将它们计算为位向量。下面我们以丁酰胺为例向大家展示如何计算其指纹（计数和位相连）： 图1 丁酰胺的结构式 from rdkit.Chem import AllChem from rdkit
RDKit|摩根分子指纹计算、提取与可视化
热门推荐
最会设计的科研狗
05-07 1万+
文章目录一、摩根分子指纹计算1.简介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects4.FCFPs5.更多泛化二、摩根分子指纹提取1.提取方法一2.提取方法二三、指纹可视化 一、摩根分子指纹计算 1.简介 摩根分子指纹（Morgan Fingerprints），是一种圆形指纹，也属于拓扑型指纹，是通过对标准的摩根算法进行改造后得到。可以大致等同于扩展连通性指纹（Extended...
RDkit：介绍smiles编码，smart编码及摩根指纹(ECFP)
gongfuxiongmao_的博客
06-20 1万+
smiles，smart编码及摩根指纹介绍
ECFP的实现：deepchem
褚骏逸的学习之路
11-05 3376
一.源码结构： class CircularFingerprint(Featurizer): def __init__(self, radius=2, size=2048, chiral=False, bonds=True, features=False, sparse=False, smiles=False): def _featurize(self, m...
rdkit 化学指纹（fingerprint）和相似性
qq_36801966的博客
06-29 9209
文章目录一、引入所需库二、化学指纹2.1 拓扑指纹 Chem.RDKFingerprint(mol)2.2 MACCS 指纹MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)2.3 原子对Atom Pairs2.4 拓扑扭曲topological torsions2.5 摩根指纹（圆圈指纹）AllChem.GetMorganFingerprint(mol,2)2.6 摩根指纹拓展三、相似性计算3.1 基于指纹计算相似性3.1.1 方案一：基于拓扑指纹和Tanimoto相似性方法指纹计算3个分子的相似性
RDKit入门教程(2)——利用RDKit获取分子指纹
慕尘蒿
07-31 9765
MACCSkeys共有166个特征，但是MACCSkeys总长度为167bits。第0位为占位符，第1~166位为分子特征位。MACCSkeys的第1~166位的具体含义如下...
【论文阅读】中医类药性分析：使用机器学习方法预测类药性
土豆洋芋山药蛋的博客
01-04 4122
论文来源： Sheng, Tian,Junmei, Wang,Youyong, Li,Xiaojie, Xu,Tingjun, Hou.Drug-likeness analysis of traditional Chinese medicines: prediction of drug-likeness using machine learning approaches.[J].Molecula...
5G车联网连通性关键技术与展望
"面向5G车联网连通性关键理论综述" 本文主要探讨了5G车联网连通性的关键理论，这是车载自组织协同网络系统的重要前提。作者首先分析了5G车联网的应用模型，其中包括体系架构、连通性模型以及连通应用的分类。在5G车...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值