二代靶向测序的分析流程-质控

已于 2024-02-22 14:25:47 修改
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分类专栏： 二代测序 文章标签： linux
于 2024-02-22 11:33:25 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_49420831/article/details/136226299
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本文介绍了在生物信息学中，如何通过fastqc进行原始fastq文件的快速质量控制，fastp进行数据过滤和修整，以及Trimmomatic和Cutadapt等工具在去除接头和低质量碱基的应用。质量评估重点关注fastqc的ERROR和WARN级别，以确保数据的准确性对后续分析影响。
摘要由CSDN通过智能技术生成

质量评估包括

  • 对下机的原始数据fastq进行质控
  • 对比对后的bam文件进行质控

一. fastq质控

常用工具：

  1. fastqc：只评估原始数据，不对原数据进行过滤
  2. fastp：可以执行数据过滤和修建
1.fastqc的使用

fastqc -t 12 -o outputdir/ sample_1.fq.gz sample_2.fq.gz #双端测序
-t 线程数12 -o 定义输出目录

2.fastqc的输出

输出文件包括zip压缩文件和网页格式的文件，html格式的文件便于在本都网页端可视化
压缩文件解压后

  • summary.txt 对输入的测序质量评估
    有ERROR的时候需要注意测序的质量是否合格，WARN一般影响不大，但还是需要查看具体情况，可能会影响后续的变异分析
    在这里插入图片描述
  • fastqc_data.txt :summary.txt指标中的详细信息
    在这里插入图片描述
    二. Fastp的使用
    fastp的功能包括：去掉低质量的碱基、去除接头等
    具体使用可以参考: 使用fastp进行数据质控
    三.其它工具
    Trimmomatic、Cutadapt：可以去除接头
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这一期的内容其实早就想好了怎么写，奈何太忙了没什么时间来写，所以拖更了很久，给大家道个歉，接下来我尽量为大家提供更高质量的文章最后还是希望大家关注一下我们，同时可以的话也可以推荐给你身边的朋友。
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二代测序数据分析流程包括以下几个步骤： 1. 数据质控：对测序数据进行质量评估和过滤，去除低质量的reads和污染序列，以确保后续分析的准确性和可靠性。 2. 序列比对：将过滤后的reads与参考基因组或转录组进行比对，以确定每个read的起始位置和方向。 3. 变异检测：通过比对结果，检测样本中的单核苷酸变异（SNVs）、插入缺失（indels）等遗传变异。 4. 基因表达分析：根据比对结果，计算每个基因的表达水平，包括基因的读数、FPKM（每百万读数的碱基数）或TPM（每百万转录本的碱基数）等。 5. 基因差异表达分析：比较不同条件下的基因表达水平，识别差异表达的基因，并进行统计学分析和功能富集分析。 6. 功能注释：对检测到的变异和差异表达基因进行功能注释，包括基因本体（Gene Ontology）分析、通路富集分析等，以了解其生物学功能和相关通路。 7. 数据可视化：将分析结果以图表、热图、散点图等形式进行可视化展示，以便更好地理解和解释数据。 需要注意的是，二代测序数据分析流程可能因具体研究目的和数据类型的不同而有所差异，上述步骤仅为一般流程的概述。具体的数据分析流程还需要根据实际情况进行调整和优化。\[1\]\[2\]\[3\] #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [illumina 二代测序原理及过程](https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/124957981)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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