二代靶向测序的分析流程（从fastq到vcf）

当原始数据通过基本质控后（二代靶向测序的分析流程-质控），接下来就可以执行测序的主要目的：call 变异。

fastq到bam文件

1. 准备参考基因组（hg19/hg38）及索引

bwa index human.fasta

2.比对到参考基因组
ID:指的是测序所在的lane，可以用sample_name替代
PL：测序平台，主流的有illumina，华大的测序平台用COMPLETE
LB:文库名字，可以不填

bwa mem -t 4 –R ‘@RG\tID:foo_lane\tPL:illumina\tLB:library\tSM:sample_name’ /path/to/human.fasta read_1.fq.gz read_2.fq.gz | samtools view -S -b - > sample_name.bam 

3.排序，下面列出了三种方法，后两种可以设置线程数进行加速

gatk SortSam -I sample.bam -O sample.sorted.bam -SO coordinate #根据染色体进行排序
samtools sort sample.bam -@ 10 -o sample.sorted.bam  #速度较上步更快
sambamba sort sample.bam -t 8 -o sample.sorted.bam #速度更快

4.接下来对排序后的文件进行质控，主要包