m0_49938227的博客

本文学习按照lightgbm的simple example进行。

注意，对时间格式处理时，最好重新ymd或ymd_hms或as.Date(tz=“”)。否则有时会有默认时区不一致，导致时间出错。如果一列中有多种格式的日期，例如"2023-11-21 13:00:23"和"2023-11-21"，很容易报错。

对dt_omics中每个样本，针对唯一识别码（样本编号）、患者ID、样本日期，从而匹配日期最近的病理诊断信息。如果病理诊断为单一诊断，则直接返回该位置为1，其他位置均为0的向量。唯一识别码定义不清。导致出现冗余的清理代码。20231105 反思组学数据中，病理类型清理问题。不应该直接去清理表格，再将清理好的表格进行合并。如果病理诊断为NOSURE。应该针对每位患者去清理，减少可能的情况。避免了很多复杂的tag和清理规则。

画interaction and rcs。

ggplot2部分技巧

lapply 可自外部传递参数lapply(DT[-1], quantile, probs = 1:3/4)#probs可在function后面作为参数传递do.call(rbind,lapply(range_split,`length<-`,max(lengths(range_split))))#通过传递参数进行补齐mapply和Map可传递多个参数mapply(function(x, i) paste(i, x), x, names(x))# a b .

写在最前面：本文主要为了解决在单正则式中表示非/不包含某字符串的问题。需要用到perl=T当然可以使用grep+!grep联合表示，but我懒。一、引入及概念#eg.> grepl("[^脑].*室","室")[1] FALSE原因：[ ^脑]表示非脑，但需要消耗字符串中的字符，即需要一个字符位于室前面，来匹配[ ^脑]。解决方法：使用不消耗字符串中字符的正向预查/反向预查，即(?=PATTERN)和(?!PATTERN)二、正向向后预查eg. grepl("(?=PATTERN

1、用正则取子串原文链接：https://www.cnblogs.com/jmliao/p/11808592.html通过试验，可以通过grep、sed两种方式实现。假设需要提取libgcc-4.8.5-4.h5.x86_64.rpm中的版本号。Topgrepecho “libgcc-4.8.5-4.h5.x86_64.rpm” | grep -Eo “[0-9]+.[0-9]+.*x86_64”grep的-o选项，可以只打印匹配的部分，否则会打印整行。Topsedecho “libgc

先安装devtools。直接装的话非常慢，所以用其他源来下~options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")install.packages("devtools")如果直接用devtools的包的install_github经常是装不上去的。最好是把github的包手动下下来，阔以直接github网页上面下，在右上角的位置~ 或者用git clone http://然后setwd()到下载的路径，再devtools:install(’’

今天在安装rtracklayer包，一直报编译失败的错The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpkZpkOC/downloaded_packages’Installation path not writeable, unable to update packages: backports, BH, broom, caTools, cli, codetools, colorspace, cowplot, cpp11, data.ta

比较全面的教程：戳这里TCGA表达数据下载一 官方下载指南TCGA表达数据下载二 使用官方工具下载TCGA表达数据下载三 临床数据下载TCGA表达数据下载四 数据整理示例

cutadapt：含流程，含各种：https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6404958.htmlHISAT2和STAR：当注释文件非常详细时，建议使用STAR或HIset2HISAT2能够处理SNP信息，可以同时比对DNA和RNA关于HISAT2的使用（1）HISAT2 index的构建可以输入的信息包括：①SNP信息dbSNP common文件②可变剪切信息GTF/GFF文件③参考基因组序列Genome FASTA文件三种信息的下载方法：

1、非常全，包括stringr包和基本函数，以及大部分的正则表达式：https://www.jianshu.com/p/b3f70d96455f

官网：https://www.ebi.ac.uk/research/enright/software/kraken官网使用手册：http://wwwdev.ebi.ac.uk/enright-dev/kraken/reaper/src/reaper-latest/doc/minion.html#test-adapter安装：wget http://wwwdev.ebi.ac.uk/enright-dev/kraken/reaper/src/reaper-latest.tgztar -zxv -f r

代码资料来源：1、fastx_toolkit安装指南：http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/install_ubuntu.txt2、fastx_toolkit安装及报错：https://www.jianshu.com/p/75cc8440e8cb3、linux下gcc、g++不同版本的切换：https://www.jianshu.com/p/f66eed3a3a25fastx_toolkit安装步骤：1、安装libgtextutils2、安装fastx_

报错如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.