物种内共线性分析步骤——JCVI安装以及数据下载(一)
安装
最简单的方法是通过PyPI安装它:
pip install jcvi #或者安装开发版本 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
或者,如果要手动安装
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.gitpip install -e .
还有一些依赖包安装方法移步官网
数据下载
接下来重点说一下安装完成之后的使用,
1、下载测试数据
2021.10.15 看到以前的文章不知道为何排版竟然这么乱,代码块我会重新修改,至于测序数据,Phytozome V13 完全支持命令行模式下载了,所以没有那么麻烦,直接搜索去官网下载就行了。
# 下面是旧方法 也可以用,但是没必要~
下载数据可以从Phytozome官方直接下载,
当然也有另外一种方法就是直接在服务器操作下载,相比而言第二种省去了下载上传的时间,可以直接放到后台运行:
python -m jcvi.apps.fetch phytozome#输入第一行命令之后会弹出,只需输入自己注册过的Phyzome账号密码即可Phytozome Login: xxxxxxxxPhytozome Password:
如果要下载可直接输入上面的名称,
eg:我需要下载Zmays和Zmarina只需要输入
python -m jcvi.apps.fetch phytozome Zmays,Zmarina
非常方便的下载共线性分析需要用到的数据,而不需要你在官网自己查找!!
解压
本次笔者使用的数据为Zmarina
,使用命令下载完成之后得到以下两个压缩文件
$ ls -lh
总用量 10M
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 7.6M 10月 4 14:55 Zmarina_324_v2.2.cds.fa.gz
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 2.4M 10月 4 14:55 Zmarina_324_v2.2.gene.gff3.gz
通过$ gunzip Zmarina_324_v2.2.*
解压得到(PS:有兴趣可以关注一下 公众号:生信技术 更方便的获取知识,以后我也会提高内容的质量。)
$ ls -lh
总用量 47M
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 26M 2月 4 14:55 Zmarina_324_v2.2.cds.fa
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 21M 2月 4 14:55 Zmarina_324_v2.2.gene.gff3
下一步进行物种内共线性