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RSS订阅原创 R语言--Cox模型校准曲线原理（二）算法
R语言–Cox模型校准曲线原理：众所周知Cox模型的校准曲线数据是rms包中的函数计算而来的。那里面的数据到底是如何计算来的？如何根据cox模型预测生存概率？如何根据Kaplan-Meier（乘积极限法）计算1，3，5年生存率？......
2022-07-07 11:26:11
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原创 R语言--Cox模型校准曲线原理（一）数据来源
cox模型的校准曲线绘制：主要参数设置校准曲线的原理，关于校准曲线图上每个点、误差线所代表的意义以及如何计算得来的。
2022-07-06 07:53:36
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原创 R语言--readr包读写数据
当你使出了浑身解数，read.csv和read.table还是无法读入数据时，并且报一堆你不理解的错误时，或许可以尝试一下readr包中的read_csv，read_table等函数。尝试一下！万一成了呢？
2022-06-28 01:04:32
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原创 R语言：三线表（3.生存分析三线表）
R语言：三线表。主要学习table1包，这次是绘制单因素生存分析三线表。新增中位生存时间、卡方值、p值的列。
2022-01-10 09:35:48
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原创 R语言：三线表（2）
R语言三线表绘制：通过自定义函数。根据数据类型、样本组数及数据的正态及方差齐性结果选择性的进行统计学检验。并输出三线表（包含p值，正态性检验、方差齐性检验）。
2022-01-09 14:15:08
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原创 R语言：三线表（1）
文章目录前言一、table1二、简单制作1.一般过程（使用formula形式）2.发现问题3.端倪4.代码汇总总结前言 之所以想发这个，想起来就气，上次因为数据库中病例数的变化（病例的纳入排除标准改变），导致多次统计分析，反复修改我的三线表，还有几次填错数据，还被老板骂，想起来就气，然后愤愤的把table1这个函数学习了一下，下次做三线表就很简单啦，开心。三线表这部分我会分2-3部分写，今天写第一部分：主要是对三线表部分内容进行优化。下一次主要会讲添加P值，卡方值等列。table1直接画..
2022-01-09 00:30:26
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原创 R语言绘图——图片的素描风格
文章目录前言一、前言二、实现方法1.原理及代码2.效果总结前言最近喜欢瞎玩儿，学python的时候看见将图片转换成手绘风格，然后就想在R语言上试试，然后…，嗯，一试就成？一、前言 素描注重光线、明暗，每一个物体在光照下都会有亮和暗两部分即明,暗两部分。所以在画时，会以明暗交界线为界,分出明暗两部分。二、实现方法1.原理及代码大致的原理：首先将图片转换为灰度图，计算灰度值的梯度值（灰度的变化率）。根据光源的方向计算每个像素点受光源的影响情况。代码如下：rm(list = ls(..
2021-11-23 15:26:58
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原创 R语言绘图：直方图——hist
文章目录前言一、直方图hist()参数简介二、hist()参数详解1.breaks2.freq3.probability4.include.lowest5.right6.density，angle7.col，border8.labels9.main, xlab, ylab xlim, ylim10.axes，plot11.nclass12.warn.unused总结前言关于R语言的绘图教程满天飞，随便一搜一大堆，做这个系列一方面我想打好基本功，另一方面，方便大家学习，整个系列可能不会有耳目一新的感觉
2021-09-07 22:41:59
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原创 R语言绘图：条形图——barplot
R语言绘图：大道至简系列——barplot目录R语言绘图：大道至简系列——barplot前言一、barplot参数简介二、barplot参数详解1.height，main，sub2.width3.space4.names.arg5.legend.text6.beside7.horiz8.density，angle9.col，border10.xlab，ylab11.xlim，ylim，xpd12.log13.axes14.axisnames15.cex.axis，cex.names16.axis.l
2021-09-07 01:31:54
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原创 单细胞转录组文章复现(一)——第二部分
单细胞转录组文章复现(一)提示：这是继上一篇后对文章第二部分的复现。seurat标准流程可查看单细胞转录组文章复现系列(一)——seurat单细胞转录组复现（2）单细胞转录组文章复现(一)前言一、数据下载二、开始1.读入数据，过滤2.Seurat流程（图2A）3.featureplot（图2B、2C）3.DoHeatmap（图2D）4.假时序分析monocle（图2E，待更新）总结前言既往已经复现：文章第一部分，小鼠乳腺癌概况本次复现内容：文章第二部分，鼠乳腺癌的CAFs亚型期刊 ：
2021-09-03 21:32:01
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原创 单细胞转录组文章复现系列(一)——seurat
单细胞转录组文章复现（一）前言一、数据下载二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言**期刊** ：Cancer上面关于小鼠乳腺癌CAFs的文章。**标题** ：Single-Cell T tanscriptomic Analysis of T umor-Derived Fibroblasts and Normal Tissue-Resident Fibroblasts Reveals Fibroblast Heterogeneity in Breast Cancer。文章链接摘要 ：主要..
2021-07-29 01:21:25
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原创 用ggplot2美化临床决策曲线
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、提取模型数据二、使用步骤1.从模型中提取模型的数据2.提取All和None数据3.画图3.汇总代码总结前言今天小伙伴要我帮他改一个临床决策曲线图，我一看，这图好像有点不那么好看，画图函数是rmda包的plot_decision_curve()，我一看帮助文档，可以传入plot()函数的参数，但是我对plot函数又不太熟悉，倒腾了半天也没美化好（菜是原罪），本着不懂就放弃的原则，我决定用ggplot2去画。下图一张数原
2021-07-26 00:02:23
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空空如也
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