单细胞转录组文章复现(一)
提示:这是继上一篇后对文章第二部分的复现。
seurat标准流程可查看单细胞转录组文章复现系列(一)——seurat
单细胞转录组复现(2)
前言
既往已经复现:文章第一部分,小鼠乳腺癌概况
本次复现内容:文章第二部分,鼠乳腺癌的CAFs亚型
期刊 :Cancer
标题 :Single-Cell T tanscriptomic Analysis of T umor-Derived Fibroblasts and Normal Tissue-Resident Fibroblasts Reveals Fibroblast Heterogeneity in Breast Cancer。
摘要 :主要对小鼠乳腺癌CAFs和正常小鼠成纤维细胞进行单细胞测序,并对CAFs的异质性进行了描述。并未涉及机制研究,算是一篇纯的不行的生信文章。适合入门。
提示:以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考
一、数据下载
虽然上一篇复现中,我已经提供链接,但不乏直接点到这儿的小伙伴。
二、开始
1.读入数据,过滤
这里文献提供的是counts矩阵。(部分文章提供的是稀疏矩阵,需要read10x读取)
代码如下(示例):
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(R.utils)
library(textshape)
library(monocle)
##读取CSV文件,如果是三文件的10x数据可直接创建seurat对象
a <- read.table(file = '4T1_Thy1.1_CAFs_raw.txt',header = T