单细胞转录组文章复现(一)——第二部分

单细胞转录组文章复现(一)

提示：这是继上一篇后对文章第二部分的复现。
seurat标准流程可查看单细胞转录组文章复现系列(一)——seurat

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前言

既往已经复现：文章第一部分，小鼠乳腺癌概况
本次复现内容：文章第二部分，鼠乳腺癌的CAFs亚型

期刊 ：Cancer
标题 ：Single-Cell T tanscriptomic Analysis of T umor-Derived Fibroblasts and Normal Tissue-Resident Fibroblasts Reveals Fibroblast Heterogeneity in Breast Cancer。

文章链接

摘要 ：主要对小鼠乳腺癌CAFs和正常小鼠成纤维细胞进行单细胞测序，并对CAFs的异质性进行了描述。并未涉及机制研究，算是一篇纯的不行的生信文章。适合入门。

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提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

一、数据下载

虽然上一篇复现中，我已经提供链接，但不乏直接点到这儿的小伙伴。

数据下载

二、开始

1.读入数据，过滤

这里文献提供的是counts矩阵。（部分文章提供的是稀疏矩阵，需要read10x读取）

代码如下（示例）：

rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(R.utils)
library(textshape)
library(monocle)
##读取CSV文件，如果是三文件的10x数据可直接创建seurat对象
a <- read.table(file = '4T1_Thy1.1_CAFs_raw.txt',header = T,sep = '\t&