RNA-seq分析：Step1（软件的安装及配置）

目录

前记

一、转录组分析基本概念

二、环境的准备与软件的安装

1、SRAtoolkit

2、FastQC

 3、Fastx_toolkit

4、Hista2

5、Samtools

6、IGV

7、Qualimap

8、Stringtie

9、Cufflinks

10、gffcompare

11、HTSeq

12、R和Rstudio

三、后记

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前记

       好几个月没有跑RNA-seq分析了，为防止遗忘，特整理分析流程于转录组分析专栏。RNA-seq分析是生信分析流程比较入门的操作，常规的分析主要包括差异基因表达分析、GO和KEGG分析和WGCNA分析。一般来说，前两个分析是最为常见的，第三个主要存在于纯转录组分析文章中。本文主要讲述转录组分析的第一步，软件的安装和配置。

一、转录组分析基本概念

转录组分析是一种基于高通量测序技术（如RNA-Seq）对生物体内所有转录本（mRNA）进行定量和功能分析的方法。通过转录组分析，可以全面了解生物细胞或组织内的基因表达情况，包括识别差异表达的基因、预测基因功能、鉴定可变剪接等。转录组分析通常包括以下步骤：RNA提取、RNA测序、数据过滤和质量评估、转录本拼接、差异表达分