1 计算大肠杆菌基因组的GC含量 Ecoli.fa

最新推荐文章于 2024-05-11 13:55:14 发布
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本文介绍了两种方法来计算大肠杆菌基因组的GC含量。第一种方法利用基本的查找功能，虽然简单但不适用于生物信息学需求。第二种方法通过Python处理fasta文件，包括更改行符和合并序列，然后提供了计算GC含量的代码，适用于处理大型文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

方法一：运用自带的“查找”计算（可以算，但是麻烦）： 

 

GC含量为 （208+193）/ 60 * 12 = 401 / 720 ≈ 0.556944

很明显是不符合我们生信要求的。。。。所以   ↓ 

方法二：

思路：1.先改换行符

查阅了一下资料，有三种方法

第一种：打开Notepad++的编辑操作 → 文档格式转换 → 转为windows（CRLF）

第一种方法适用于小文件，文件大可能会卡死。

第二种：运用替换操作改

快捷键ctrl+f,

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