使用biopython包时出现的TypeError报错

 在使用biopython时,运行以下代码:

# 读取txt文件,并利用biopython包将其转化为fasta文件
with open(input_file_path, 'r') as file:
    content = file.readlines()
for index, line in enumerate(content):
    seq = line.split(',')[0].strip()
    if len(seq) < 508:
        seq_id = label+'_p'+str(p)+f'_seq_{index+1}'
        record = SeqIO.SeqRecord(seq, id=seq_id, description='')
        records.append(record)

with open(output_file_path, 'w') as output:
    SeqIO.write(records, output, 'fasta')

出现报错:

TypeError: SeqRecord (id=2_p0.25_seq_1) has an invalid sequence.

(很奇怪,同一段代码在windows下正常运行,在linux服务器上却报错了。目前还不知道具体是什么原因,导致找了很长时间的bug。。。)

解决办法:

在seq的赋值那一行,使用Bio.Seq强制类型转换

seq = Bio.Seq(line.split(',')[0].strip())

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