SAMTOOLS安装

安装Ubuntu

 

1.目录下创建账户密码

2.从Github上获取samtools
wegt https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2

3.安装解压软件
$ sudo apt install bzip2

4.解压
$ tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2

5.相关更新

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install build-essential

相关依赖
$ sudo apt install gcc
$ sudo apt-get install zlib1g-dev
$ sudo apt-get install libncurses5-dev
$ sudo apt-get install libboost-all-dev
$ sudo apt-get install libbz2-dev
$ sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

6.开始构建 
$ ./configuremake
sudo make
sudo make install

完事!

当你在没有`sudo`权限的服务器上需要安装或管理Samtools(用于处理SAM/BAM/CRAM等序列比对文件的工具)相关的依赖库,可以按照以下步骤操作: 1. **创建新用户或组**: - 如果允许,可以申请一个专门用于非根权限操作的普通用户,或者为当前用户添加一个特定的组(例如,`samtools`组)。 2. **切换到所需用户**: 使用`su - your_username` (替换为实际用户名) 或者 `sudo -u your_username` 进入该用户账户。 3. **安装前的准备**: 确认已经安装了`apt-get`, `yum`或其他包管理器。如果是Debian或Ubuntu系统,通常使用`apt`;如果是RHEL/CentOS系列,用的是`yum`。 4. **使用非root权限安装**: - 对于`apt`系统(如Ubuntu): ``` sudo apt-get update sudo apt-get install -y software-properties-common python-software-properties add-apt-repository ppa:bioconda/bioconda3 # 如果没有这个PPA sudo apt- 对于`yum`系统(如CentOS/RHEL): ``` sudo yum-config-manager --add-repo https://repo.bioconda.io/cnki-yum/rhel_7/ sudo yum install samtools ``` 5. **安装自定义软件源**: 可能需要安装一些未包含在默认仓库的依赖库,可以使用`conda`(如果你没有安装,先安装它)来创建一个独立的环境,并安装所需的库: ```bash conda create -n samtools_env -c bioconda samtools source activate samtools_env conda install <dependency_package_name> ``` 将 `<dependency_package_name>` 替换为你需要安装的具体依赖包名。 6. **检查和更新**: 安装完成后,你可以使用`which`命令确认samtools是否已成功安装在指定用户下,或者查看环境变量`$PATH`是否包含了正确的目录。 **相关问题--:** 1. Samtools依赖的具体哪些库? 2. 如何在无权限情况下使用`conda`创建和激活环境? 3. 我可以在没有`sudo`权限的环境下直接运行带有依赖的samtools命令吗?
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