基因芯片原始数据处理

0.下载虚拟机

ubuntu虚拟机配置 参照：http://t.csdnimg.cn/vWgUL

。。。。。。。。

bash进入linux子系统

调整路径的方法 

1. 用plink 把map和ped文件合成VCF文件

./plink --file --map All.GT.map  --out test   --ped All.GT.ped   --recode vcf

2. pip install 下载Pyvcf包报错解决：http://t.csdnimg.cn/xHGmT

不同情况的亲本材料分离
 

#情况1
import pandas as pd

f1 = pd.read_csv("t1.vcf", sep="\t")

# 方法1:使用列表推导式
dh_columns = [col for col in f1.columns if col.startswith("DH")]

# 方法2:使用startswith()与apply()结合
dh_mask = f1.columns.to_series().apply(lambda x: x.startswith("DH"))
f2 = f1.loc[:, dh_mask]

f_base = f1.iloc[:, :9]

# 拼接f2与f_base
result = pd.concat([f_base, f2], axis=1).T

result.to_csv("wcy.vcf", sep="\t", index=False)

....
 

#情况2
import pandas as pd

f1 = pd.read_csv("t1.vcf", sep="\t")

# 方法1:使用列表推导式
dh_columns = [col for col in f1.columns if not col.startswith("DH") or col == "DH002_DH002"]
f2 = f1[dh_columns]


f2.to_csv("sby.vcf", sep="\t", index=False)

3.tassel文件处理

标记筛选 待考证...（查文献）

4.saveAs —— 保存为Hapmap格式
 

5.qtlMapping map文件的转化 
.....