使用 SSH/SFTP 方法来实现 Windows 和 Kali Linux 之间的文件共享（fileZilla） 使用 SSH/SFTP 方法来实现 Windows 和 Kali Linux 之间的文件共享。
用于gwas的blup与遗传力计算 遗传力是一个重要的遗传学参数，用于描述一个性状的表型变异中由遗传因素引起的比例。它反映了一个群体中，某个性状的遗传变异在总变异中所占的比例。通过这种方式，我们可以估计在多环境试验中，遗传因素对表型变异的贡献程度。这个估计考虑了不同环境和重复的影响，使得遗传力的估计更加准确和有代表性。低遗传力则表明环境因素的影响更大，可能需要更精确的表型评估或更大的群体规模来进行有效选择。在这个模型中，我们使用 LOC 随机效应的方差组分来代表环境变异。- 平均每个环境的基因型与环境交互作用变异 (Vge/L)
单倍型Haploview分析 ped中的表型数据默认为-9，需要改为0。这个是必须的，否则就报错。筛选关注SNP的位点并处理map文件（只取2、4)两列。1.路径下vcf文件转换——>使用plink。自己筛选出vcf中所关注的连锁区块位点。4.jar包路径下启用jar包。5. 传入处理好的文件，结果1。0.关注SNP的筛选。
群体结构PCA分析+LD分析 要使用的生成文件plink_pca.eigenval E:\pyProjects\zc\ZC_pca\pca2024_9_6\plink_pca.eigenvec。1.PCA——使用plink（linux）如果需要加入参考基因组的绘制。使用plink进行pca分析。4.PCA（标准化）
Pi+Fst群体进化与选择分析 1.文件准备 B1.txt B2.txt（群体的分类文件，后续的分析结果是B2相对于B1的选择结果位点）4. "reference.fai"——（作图需要）6.Fst+Pi联合作图与分析。
XP-CLR进行自然选择压力分析 原有环境下conda install xpclr -c bioconda失败。可以尝试使用LD半衰距离或半衰距离的一半。需要再linux系统下运行。关键问题在于参数的调整。
linux anaconda + bcftools使用 不指定虚拟机里conda的安装路径到其他盘了 而是直接安装在win11 WSL默认目录下 并安装conda而不是miniconda。2.生成含有包括GT（基因型）、AD（等位基因深度）和DP（读取深度）信息的vcf文件。3.计算每个位点的MAF、遗传多样性和PIC值，然后计算每条染色体和基因组的平均值。主要就是装好了创建不了带python的虚拟环境。各种方法都试了 现在也没找到原因。结果miniconda一直出问题。才知道原来vcf的表头是有用的。修改了一下 添加了这几行。bcftools使用。
ubuntu linux虚拟机搭建+PopLDdecay 1.可以直接在Microsoft store中下载ubuntu。当前路径下生成结果文件 LDdecay.stat.gz。设置账号密码 /密码输入的时候是不显示的。miniconda 搭建虚拟环境。5.使用PopLDdecay计算。，如果没有使用过打开是这样的。4.PopLDdecay安装。2.控制面板里打开这三个。terminal运行。
Win11 - conda本地部署table-diffusion-webui（1.9.4） 3.进入本地路径 F:\stable-diffusion-webui-1.9.4。1.下载table-diffusion-webui——>解压缩。去除以下两个依赖中torch后安装。4.更改webui.bat。5.网络错误就切梯子。
rna-seq分析—py+linux 太久不用了啥都忘了 一步步走..1.重新下载ubuntu就花了好久....2.下好了以后关联python3命令到python3.9.6(习惯）3.下载4.建库5.文件位置/mnt/e/转录组全部原始数据/DZOE2024011942-b1#双端文件比对mapping到参考基因组排序。
WIN下配置Annaconda的下载路径 并且生产配置文件C:\Users\用户\.condarc 文件 用于管理。在虚拟环境下使用pip install也会下载包到虚拟环境下。虚拟环境也在annaconda/env内进行存储。在环境内使用pip命令发现下载的路径去了C盘。创建虚拟环境的存储路径也不正确。使用create激活环境之后。使用conda info查看。
win安装miniconda 找到用户目录下的.condarc文件（C:\Users\“username”）conda默认的包与虚拟环境设置。之后运行配置文件（带镜像）2.安装后加入到环境变量。conda创建虚拟环境。
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