VESTA官方手册 | 第五章：显示样式

最新推荐文章于 2024-09-22 11:17:00 发布

朱老师讲VASP

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第五章显示样式

结构模型、体数据、晶体形状的显示样式，可以通过侧边栏的Style选项卡，或Objects菜单进行控制。这两种方法都可以使用同样的选项。

5.1 结构模型

侧边栏的Style选项卡中的Structural model区框（图5.1），包含了控制结构模型表示方法的常用工具。也可通过选择Objects菜单中的Model选项，使用这些选项。如果数据中不包含结构模型，该区框将失效。

图5.1：侧边栏的Style选项卡中的Structural model区框5.1.1 显示的对象

▪Show model显示模型

该选项控制结构模型的可见性。当勾选此选项(默认)时，结构模型可见；否则，不显示结构模型。当包含结构和体数据，而只希望观察等值面和切面时，应取消勾选此选项。

▪Show dot surface显示点状表面

在球棍模型、线框模型和棒状模型中，如果勾选Show dot surface，点表面球体将以与用户指定半径100 %对应的半径以与空间堆积模型相同的方式添加(图5.2 )。这种模式旨在突出原子的外表面。每个球都被表示成一个空心的壳，表面有许多点。结合点状表面与棒状模型，可帮助理解分子中原子是如何相互结合的。与实心球相同，点的密度由Properties对话框的Atoms选项卡中的Stacks和Slices两个参数控制。

图5.2：由棒状模型和点状表面表示的石英晶体模型。蓝色为Si原子，红色为O原子

5.1.2 样式

如2.2节所述，VESTA使用五种不同样式表示晶体结构：球棍模型、空间堆积模型、多面体、线框和棒状模型。当原子以球形绘制时，除空间堆积模型外，它们的半径都是与实际原子半径的40 %相对应的，对于空间堆积模型，原子是与实际原子半径相对应的。原子的默认半径从原子半径、离子半径和范德华半径三种类型中选取。在Properties对话框中的Atoms页中，设置每个元素的原子半径和半径类型(见第12.1.2节)。下面用右边石英的结构图描述各结构模型的特征。

▪Ball-and-stick球棍模型

在球棍模型中，所有的原子均以实心球或位移椭球。键可以用圆柱或线表示。

▪Space-filling空间堆积

在空间堆积模型中，原子绘制为互相贯穿的固态球体，可在Properties对话框的Atoms选项卡中设置半径(见12.1.2节)。这一模型对于理解原子在结构中堆积在一起是很有效的。

▪Polyhedral多面体

在多面体模型中，晶体结构用配位多面体表示，其中中心原子、键和顶端原子也可以包含在内。必须使用Bonds对话框搜索中心原子和顶点原子之间的键，才可显示包含它们的配位多面体结构。原子表示为实心球或位移椭球。键可以用圆柱或线表示。配位多面体的透明度必须足够高，才能看到中心原子和键。在Properties对话框中的Polyhedra选项卡中，可设置选择表示多面体的六种不同样式(见第12.1.4节)

▪Wireframe线框

在线框模型中，未成键原子绘制为线框球体，而与其他原子成键的原子则不绘出。所有的键都呈现为具有梯度颜色的线条。这种模型可用于观察和操作复杂和/或大型结构，因为通常该模型可以最快速在屏幕上完成结构渲染。

▪Stick棒状模型

在棒状模型中，未成键原子绘制为实心球体，与其他原子成键的原子则不绘出。所有化学键以圆柱形表示，其性质可以在Properties对话框中的Bonds选项卡中修改（见第12.1.3节）。该模型可用于观察框架或分子构型。

▪Displacement ellipsoids位移椭球

在球棍和多面体模型中，原子可以渲染为位移椭球。椭球中包含原子的可能性，也可以在Properties对话框中进行设置（见第12.1.2节）。

5.2 体数据

侧边栏的Style选项卡中的Volumetric data区框，包含了控制体数据表示方式的常用工具（见图5.3）。也可通过选择Objects菜单中的Volumetric Data选项，使用这些选项。如果数据中不包含体数据，该区框将失效。

图5.3：侧边栏的Style选项卡中的Volumetric data区框

▪Show sections显示切面

该选项控制等值面切面是否可见。当该选项勾选时（默认情况），显示切面，否则将不显示。

▪Show isosurfaces显示等值面

该选项控制体数据的等值面是否可见。当该选项勾选时（默认情况），显示等值面，否则将不显示。当包含结构和体数据，而只希望观察结构模型时，取消勾选该选项及Show sections选项。

▪Surface coloring表面着色

“表面着色”是指从一个数据集中绘制的等值面的颜色由一个二级数据集决定。一个典型的例子是根据静电势对电子密度等值面着色(见图12.9 )。此选项仅当Edit Data对话框中的Volumetric data选项卡中，已加载用于表面着色的次级体数据时，才可启用(见第6.4.2节 )。等值面的样式可从以下3种表示方式中选择：

▪Smooth shading平滑着色

▪Wireframe线框

▪Dot surface点状表面

在平滑着色模式下，等值面绘制成透明度可变的固体表面。而在线框和点状表面模式下，等值面分别用线和点表示。

5.3 晶体外形

侧边栏的Style选项卡中的Crystal Shapes区框（图5.4），包含了控制晶体外形表示方法的常用工具。也可通过选择Objects菜单中的Crystal Shapes选项，使用这些选项。如果数据中不包含晶体外形（晶面），该区框将失效。