关于java的一些疑问——命令行下的编译和运行

今天突发奇想在ubuntu（12。04）下配了java的编译环境，我先用eclipse写了一些简单程序（都可以在eclipse下编译运行），在我尝试用shell运行这写编译好的.class文件时,

发现总是无法执行，用javac编译源文件，再运行错误相同。经过反复尝试和推敲，我发现失败的文件都是在“package”内的文件，源文件第一行都注明所在包。这写文件在用javac编译后不能执行。

之前都是用myeclipse和eclipse写程序的，从没注意到这个问题。eclipse在执行包含多个不同package的工程时，其命令行指令是什么？假如脱离了eclipse，要如何运行分布在不同package中的类呢？

求高手指教。

PS：是否有人尝试用VIM或者emacs做java开发，效率会高么？