R语言 GEO高通量数据处理-1 Fastq_To_Bam

注意:处理占用资源多，时间长，尽可能在服务器上跑;

工程文件目录：

项目文件目录：

options(stringsAsFactors = F) 
# 设置链接超时时间
options(timeout=200000)
# 设置R的使用内存
Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=99999999)

library(ShortRead)
library(Rsamtools)
library(Biostrings)
library(GenomicRanges)
library(ggplot2)
library(Gviz)
library(Biostrings)
library(pwalign)
library(Rsubread)

GSE_NO1 <- 'GSE203346'
GSE_Path <- paste0('/home/a/BioInfo_Analysis/Gene_Data/GDCdata_HTC_BioProject/',GSE_NO1,'/rawdata/')
hg_subread <- '/home/a/BioInfo_Analysis/Gene_Data/GDCdata_HTC_BioProject/hg19/