【LAMMPS学习】七、加速性能(3)通用技巧

7. 加速性能

7.1.基准测试

7.2.测试性能

7.3.通用技巧

以下是提高模拟性能的通用技巧。它们中的大多数只适用于当前性能中的某些模型和某些瓶颈，因此让您生成的计时数据作为指导。要预测这些选项会产生多大的差异，即使不是不可能，也是很难的，因为这是问题大小、所使用的处理器数量和您的机器的函数。识别性能瓶颈并尝试各种选项是无可替代的。

• rRESPA

• Two-FFT PPPM

• Staggered PPPM

• single vs double PPPM

• partial charge PPPM

• verlet/split run style

• processor command for proc layout and numa layout

• load-balancing: balance and fix balance

Two-FFT PPPM，也称为分析微分或 ad PPPM，使用 2 个 FFT，而不是默认 ik 微分 PPPM 使用的 4 个 FFT。然而，2-FFT PPPM 还需要稍大的网格尺寸才能达到与 4-FFT PPPM 相同的精度。对于 FFT 成本成为性能瓶颈的问题（通常是在许多处理器上运行的大问题），2-FFT PPPM 可能比 4-FFT PPPM 更快。

Staggered PPPM 使用两种不同的网格执行计算，其中一个网格相对于另一个网格略有移动。这可以减少力混叠误差并提高方法的准确性，但也会使所需的工作量加倍。为了获得较高的相对精度，与常规 PPPM 相比，使用Staggered PPPM可以在每个维度上实现一到一半的网格大小，这可以在 kspace 时间中提供大约 4 倍的加速。然而，对于相对精度较低的情况，使用Staggered PPPM 几乎没有什么好处，并且 kspace 时间可能会慢 2 倍。例如，视紫红质基准测试在单个处理器上运行，不同方法的 kspace 时间与相对精度的结果如下图所示。对于该系统，当使用略大于 1e-5 及以上的相对精度时，Staggered PPPM（使用 ik 微分）变得有用。

注：使用Staggered PPPM 可能无法像力那样提高能量和压力的准确性，因此如果能量和/或压力是感兴趣的量（例如使用恒压器时），则必须小心谨慎。

7.4.加速器包

7.5.加速器包比较