GeoFlow V2：首个全场景蛋白质大模型，抗体设计+binder生成+复合物结构预测(超越AF3和RFDiffusion)

近日，百奥几何正式推出全球首个全场景原子级蛋白质大模型 ——GeoFlow V2。该模型开创性地以原子级精度整合了两大核心能力：其一，生物大分子（蛋白质/核酸）结构预测；其二，蛋白质从头设计。在生物分子生成领域，GeoFlow V2 彰显出无与伦比的强大实力，其功能兼具创新性与实用性，具体如下：

• 抗体设计： 能够精准地开展抗体设计工作，为生物医药研发的这一关键环节实现高效突破提供有力支撑。

• Binder 生成： 基于小分子结构、蛋白质或核酸，智能生成与之紧密结合的 Binder，为相关研究提供关键技术保障。

• 复合物结构预测： 实现对抗原 - 抗体复合物结构的精准预测，有力推动抗原 - 抗体相关研究跃上新台阶。
  本期推文将围绕 GeoFlow 分子生成大模型，深度剖析其卓越性能，并为大家详细讲解模型使用功能的操作教程 。

性能简介

GeoFlow-V2 性能表现出色。在蛋白质结构预测方面，抗体 - 抗原结构预测的 Top-1 DockQ 成功率达 45.19% ，超越众多对比方法（如AlphaFold 3, Protenix, Chai-1, Boltz），且约束条件能显著提升其性能；蛋白质 - 配体结构预测成功率为 77%；其轻量级变体在超快速抗体结构预测上，比 AlphaFold Multimer V2.3 快 150-250 倍，精度相当或更优。在从头抗体设计中，结构生成性能稳健，结合物区分能力稳定，虚拟筛选成功率中位数达 0.179，高于RFAntibody方法，展现了强大的综合性能。

 

如果您想了解更多性能评价方面的信息，可以访问如下链接：
https://prot.design/report

使用教程

网站地址：https://prot.design/

1. 纳米抗体（VHHs）设计

纳米抗体也称为VHHs（Variable domain of Heavy chain of Heavy-chain antibodies），是源自骆驼科动物（如骆驼、羊驼）的单链抗体片段，只有一个可变区（VHH），相比传统抗体（包含 VH 和 VL 两个可变区）更加简洁紧凑。其具有一系列独特的优势。如高稳定性、亲和力强，并且在极端条件（如高温、低 pH）下仍能保持功能。

下面就详细介绍纳米抗体在GeoFlow中的设计流程：

1.1输入抗原蛋白的PDB ID：

这里我们选择了新冠病毒spike蛋白和抗体的复合物结构（PDB ID：7sub）

 

1.2指定抗原所在序列

由于A链是spike蛋白，所以我们点击右上方的Crop antigen只选择/裁剪抗原蛋白序列：

 

1.3指定抗体结合位点

在裁剪的序列基础上点击右上方的Specifying epitope进一步指定抗体结合位点：

 

1.4指定抗体CDR序列长度

在一个抗体的可变区（Variable region） 中，有三段特别灵活、变异性高的区域，这三段就叫做：CDR1、CDR2 和 CDR3。用户可以如下图所示自定义这三个区域的长度。

 

最后，点击Generate VHHs即可提交任务。

2. Binder设计

有目的性地设计出可以精准识别并结合目标分子的结合体（Binder），用于调控、探测或治疗。意义极其重大，广泛应用于生物医学、合成生物学、药物开发等领域。
GeoFlow在这个方面表现尤为亮眼，它可以基于已知小分子 / 蛋白 / DNA / RNA 的序列信息设计与它们结合的 Binder。

下面是详细介绍：

2.1 切换到Binder设计模块

 

2.2 选择Binder生成的结构依据

如下图所示，GeoFlow支持用户输入各类分子类型用以生成针对小分子/DNA/RNA/蛋白质的Binder。

 

2.3 调整Binder生成的参数

 

如上图所示，用户可以自定义三个参数：

• • Target copies: 这个参数设定你在输入框中输入的Target分子的拷贝数。

• • Binder length: 指定设计的Binder蛋白的序列长度。

• • Binder copies: 指定设计的Binder蛋白的拷贝数。

此外，推荐大家在使用时点击左下角的DeepThink选项，这样可以显著提高生成的Binder准确性：

上述所有参数设定好后，点击右上角的🔍按键启动Binder的设计程序。

2.4 结果示例

2.4.1 基于小分子生成binder

 

2.4.2 基于蛋白生成binder

 

3. 抗原-抗体复合物结构预测

此功能的输入页面和Alphafold3十分相似，相信有过使用经验的人能够无缝衔接。

3.1 输入蛋白序列

点击上图左下角的Add Entity按键可以继续添加新的蛋白序列；
点击Turbo Mode可以采样更多的结构以确保获得的结果准确性。

3.2 指定表位氨基酸

GeoFlow支持用户指定抗原上的表位氨基酸。这十分适合抗原-抗体复合物结构预测。