CAMB, CosmoMC的安装和使用

最近重新安装一遍CAMB，正好以自己的安装过程来写一个教程，希望对后来者有帮助

1 CAMB

1.1 CAMB安装

参考githubCAMB
步骤如下：

1. 1，使用命令git clone --recursive https://github.com/cmbant/CAMB拷贝到自己需要安装的目录下（笔者在工作路径下新建了一个名为CAMB的目录）
2. 2 ，进入下载的目录下，使用命令pip install -e .
3. 3 ， 使用命令python setup.py make，这需要安装gfortran，如果没有安装，可以通过sudo apt-get install gfortran来安装，并通过gfortran --version查看是否安装成功，如果显示版本则成功。
4. 4，完成上面两步已经结束了安装，现在测试，（注意python版本的camb已经将camb作为一个命令名，所以可以直接使用camb执行命令），测试代码为camb inifiles/planck_2018.ini，（这里，由于输出会产生大量文件，所以我新建了一个名为test的目录，在目录里面运行camb ../inifiles/planck_2018.ini）,如果正确产生下图文件，则安装成功
   
   另外值得一提的是，这个python版本的CAMB是可以使用python程序的，demo见python camb demo

1.2 CAMB简单应用

1.2.1 使用CAMB画功率谱

可以参考官网的readme-fortran文档除了上面的1.1节提到的demo之外，这里主要讲fortran版本的例子。以前在网易博客上写过一篇简单应用的博文-使用CAMB画功率谱。但是网易博客似乎倒闭了，所以图片无法识别，这里不打算再次重复上面说的博文的过程（博文没有了图片，但是大致是可以猜到说什么的）。此时不需要再用./camb params.ini编译，而是直接使用camb params.ini来编译，因为camb在python版中已经成为一个命令。同样，运行之后会生成很多文件，所以我是在test目录下运行的。

2 CosmoMC

2.1 CosmoMC安装

这个安装之前要先安装依赖的库，过程很复杂，所幸有参考文献，一下是四篇最主要的参考来源（主要参考前三篇）：
1， 星空下
2， Ming-Hua Li的论文
3，CosmoMC官网readme
4, planck_likelihood_CosmoMC_readme
这里在上面的参考文献上做补充：

• 1， 关于intel Fortran编译器，网址为intel software tool,这里我直接选择了student，因为student是免费的，所以需要以学生邮箱和学校注册验证通过后才会邮箱收到信息，然后下载这个软件。注册的过程为：点击intel@parallel studio XE下的linux(选择符合自己的系统，笔者是linux)，然后全画勾进入注册界面
• 2，在文献1中的第2部分，一定要注意文中所说的lapack的问题，安装ifort的时候如果自己的电脑是64位，那么在安装的过程中要选择64的选项。也就是安装的过程中有选择IA 32和64的时候选择32（因为它前面是x号，选择表示去掉），安装的时候会看到说找不到32表示已经选了64了。
• 3 文献1中的第5部分：./waf configure --lapack_mkl=${MKLROOT} --install_all_deps时，如果输出结果找不到cfitsi,则要自己指定：如./waf configure --lapack_mkl=${MKLROOT} --install_all_deps --cfitsio_prefix=/home/username/software/cfitsi 这里cfitsi是自己安装的cfitsi路径（文献1的作者已经做了修改），安装他的提示可以完成。
• 4 文献2中的F部分，plc （planck likelihood and Chains）(文献1也提到plc-2,笔者用的3.01)参考planck似然，也可以直接下载COM_Likelihood_code（有3.0和3.01的版本），已经不需要像F中提到的那样再进入plc中vi Makefile改内容，这部分直接参考文献1即可。(下载的时候有一个技巧：点击页面框后面的链接按钮，选择wget，然后使用wget终端下载即可)
• 5 由于很多软件已经更新，所以笔者使用的版本都比1和2文中提到的版本高
• 6 文献1中提到的plc_2.0，这里笔者使用COM_Likelihood_Data-baseline_3.0

安装遇到的问题：

./cosmomc: relink ‘xxx/intel/compilers_and_xx/libirc.so’ with ‘/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6’ for IFUNC symbol ‘memmove’
这个问题是由于plc-3.01没有正确指定路径造成的，可以重新装一遍plc

Acknowledgements

花了两天时间终于安装完了,感谢文献1中作者的帮助, 如有必要，再写CosmoMC的使用

2.1 CosmoMC使用

**1）编译 **

make all

(如果有改动要重新编译可以使用make clean， make delete删除编译过的文件)

2） 修改test.ini文件，增加或注释数据
使用planck15年的数据，注释18年的数据

3）运行cosmoMC

mpirun -np 4 ./cosmomc test.ini  使用4个进程

4）查看结果
为了防止产生的文件过多比较乱，在CosmoMC目录下建一个名为plot_data的文件夹，将disttest.ini文件中做如下修改：

运行：

./getdist disttest.ini

得到的文件包括如下

要画二，三维图使用python

python test_tri.py
python test_2D.py

也可以使用python来画图，指定输出的参数----参考文献arXiv:1808.05080第V部分
为防止文件混乱，在CosmoMC下建立一个名为pytest的文件夹，在文件夹下创建名为disttest.py的文件，内容为：

from getdist import plots, MCSamples
f=plots.getSubplotPlotter(chain_dir='../chains/',width_inch=12)
f.triangle_plot('test',['omegabh2','omegach2','H0','logA','ns'],filled=True,
        legend_labels=['PlanckTT}'], legend_loc='upper right',
        line_args=[{'lw':1, 'color':'darkblue'}], contour_colors=['darkgreen'])
f.export('mymodel_cmb_tri.pdf')

使用python运行即可得到参数限制情况

3 常见问题

3.1 mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing…

问题描述，使用了planck 18年的数据，clik链接的是18年的。在/cosmoMC/CosmoMC/data$路径下ll click*查看到的是如下的链接

plc_3.0是planck likelihood code 2018
而我在test.ini将planck 的数据使用的是2015年的(即batch2的数据，注batch3是18年的)

此时导致链接出了问题。简言之，使用了15年数据，却链接的是18年code。
解决方法：链接15年code
打开batch2/lowl.ini，有如下描述：

即15年的code是用的链接名是clik，而18年使用的是clik_14.0，所以现在将plc_2.0链接到CosmoMC/data下，并命名为click，命令如下

ln -s /home/username/xxx/data/plc_2.0/ CosmoMC/data/clik   #这里code要使用绝对路径