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RSS订阅原创 派森诺助力中医药研究，推出专业多组学技术产品
中医药研究一直以来都是医学中备受瞩目的领域，传承千年的中华医药文化，蕴含着宝贵的智慧和经验。现代科技的不断发展让我们有机会以前所未有的方式深入探索中医药的奥秘。为了更好地理解中药的作用机制，我们需要采用现代科学方法，深入探索每个中药成分在不同个体中的影响。这正是多组学技术的用武之地。派森诺公司为中医药研究领域推出了一系列专门的多组学技术产品，将为您的研究提供全新的思路和工具。派森诺考虑中医药研究的特点结合现代高通量测序手段，编写了《多组学技术在中医药研究领域的应用》手册，让我们来看看看材料中都有哪些内容吧
2023-10-23 14:23:22
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原创 BSA研究方案——如何从容不迫的进行性状定位
根据不同的遗传群体材料和遗传设计，有针对自然群体的Δ（SNP-index）、有针对EMS诱变材料的MutMap法（Abe et al., 2012）、针对无亲本只有两个极端混池的欧氏距离法（ED）（Hill et al., 2013）、基于一个大的F2群体并依据表型分组（三组以上）的GradedPool-seq（GPS）法（Wang et al., 2019）和较复杂的遗传设计QTG-seq法（Zhang et al., 2019a）等；R1：突变体表型特征和遗传分析（细致的性状调查是成功的第一步）
2023-10-18 10:34:37
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原创 如何绘制漂亮的Circos图
默认绘制的四层图表分别是热图（常用于显示P值等数据），散点图（常用于显示上调倍数等数据），折线图（常用于显示上调倍数均值等数据），柱状图（常用于显示上调基因下调基因表达等数据），额外增加的两层分别是散点图和柱状图，每个圈层均可切换以上四种图表类型。根据上传的数据，默认将第四列到最后一列所有value值当作热图数据作图，我们可以通过勾选列名来筛选实际热图数据作图，或选择热图数据中部分value值在图上显示。既可以调整轨道（环形）与轨道之间的间距，也可以调整染色体（扇形）与染色体之间的间距。...
2022-07-28 11:36:54
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原创 海拔vs季节，谁决定外生菌根真菌群落的时空分布格局？
最近，派森诺与中国科学院昆明植物研究所合作，在《Microbiology Spectrum》发表论文，通过微生物组测序和微生态群落分析，对外生菌根真菌群落时空分布特征进行了解析。01、研究背景外生菌根真菌（Ectomycorrhizal fungi，EcM fungi）对森林生态系统的稳定和平衡具有重要作用。外生菌根真菌能在地下形成菌丝网络，促进植物宿主的水分和养分吸收，增强植物的逆境耐受性，有利于植物幼苗的定植和种群的建立。外生菌根真菌群落多样性及其生态功能会随气候发生相应变化，进而影响其宿主植物种
2022-02-22 15:50:04
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原创 基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究
派森诺与华中农业大学合作，在Molecular Plant上发表了题为《Genome- and transcriptome-wide association studies provide insights into the genetic basis of natural variation of seed oil content in Brassica napus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗传资源，并为理解油菜和其他油料作物种子中油分积累的复杂机制提供了有价值
2022-02-22 15:47:40
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原创 UMI绝对定量转录组+代谢组联合研究β-葡萄糖苷酶抑制剂在草菇采后贮藏中的应用前景
派森诺与上海市农业科学院携手合作，于近期在《Postharvest Biology and Technology》上发表了β-葡萄糖苷酶抑制剂在草菇采后管理中应用的研究成果。草菇(Volvariella volvacea)又称兰花菇，味道鲜美，营养丰富，脂质含量低。低温贮藏是大多数食用菌保存和运输的常规方法。然而，在传统的保存温度(4℃)下，草菇会变软、液化，甚至腐烂，这种现象被称为“低温自溶”。草菇的低温自溶限制了这种商业栽培蘑菇的采后贮藏和销售。已有研究表明，UBEV2特异性泛素结合酶E2 (UBEV
2022-02-21 13:59:58
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原创 细菌基因组框架图+比较基因组学分析助力细菌耐药和毒力研究
派森诺与复旦大学附属华东医院的张艳梅老师课题组合作，在微生物学与免疫学领域的《Virulence》发表新研究成果！在本研究中，从临床上分离得到若干个幽门螺杆菌，对这些菌株进行高通量测序，确定了幽门螺杆菌的特定遗传特征和与特定临床结果相关的遗传特异性，并确定这些基因的功能，这些数据拓宽了对幽门螺杆菌的多样性及其与特定胃疾病关系的认识。研究背景幽门螺杆菌(H.pylori)感染是严重胃炎相关疾病的重要危险因素，包括消化性溃疡、胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤、胃癌。世界上有40%以上的人口长期感染H.pylori，
2022-02-21 13:57:20
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原创 宏转录组研究成果荣登10分JHM
近期，派森诺与华东师范大学合作，在知名期刊《Journal of Hazardous Materials》上发表论文，通过宏转录组学研究，解析了餐厨垃圾和污泥厌氧共消化处理系统中，抗生素暴露对功能微生物物质代谢和产甲烷活性的影响，并揭示了抗生素暴露抑制厌氧消化过程的微生物作用机制。研究背景餐厨垃圾和污泥厌氧共消化处理系统是一种高效且极具潜力的有机固废资源化利用技术。但污泥中的抗生素残留也会进入到厌氧消化系统中，而关于抗生素对消化过程中功能微生物和代谢通路的作用机制尚缺乏研究。本研究利用高通量测序技术，
2022-02-17 15:30:57
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原创 转录组+代谢组助力大环内酯类抗生素对藻类抑制作用机制的研究
泰乐菌素(TYN)是一种常用的大环内酯类抗生素，可有效对抗革兰氏阳性菌，并可作为兽药用于预防肠道和呼吸道感染。TYN残留物可以通过在农田中施用粪肥和泻湖废水进入环境，值得注意的是，全球地表水中已检测到浓度高达3.06 μg L-1的TYN。已有研究表明，TYN对藻类的生长和发育产生不利影响。TYN能够抑制铜绿微囊藻和羊角月牙藻的叶绿素合成，进而抑制其光合作用。此外，TYN降低了铜绿微囊藻和羊角月牙藻的生长性能和增殖能力。羊角月牙藻是经济合作与发展组织(OECD)推荐的生态毒理试验模式藻类，因为它分布全球，
2022-02-17 15:27:22
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原创 孟和教授团队“共生总基因组”研究获突破
去年，我们报道过与上海交通大学孟和教授团队的合作成果，通过“微生物组—宿主基因组”关联研究（mGWAS），探讨宿主基因组、肠道微生物组和鸡白痢沙门氏菌感染之间的联系，并发现了白痢病鸡肠道菌群的可遗传特征，研究成果发表于微生态领域知名期刊《mSystems》（影响因子：6.496）【派森诺项目文章】MGWAS再显神通，揭示白痢病鸡肠道菌群的遗传力！（点击查看）。最近，派森诺与孟教授团队继续合作，再次在《mSystems》发表论文，报道了家禽在进化过程中，肠道微生物组与宿主遗传物质之间复杂的互作关系，为“共生总
2022-02-15 14:10:04
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原创 噬菌体疗法治疗细菌多重耐药添一篇好文
近日，派森诺生物与华东理工大学合作，在微生物基因组领域的《Applied and Environmental Microbiology》（影响因子4.813）发表新研究成果！在本研究中，从污水中分离得到了3种杀鲑气单胞菌（A. salmonicida）噬菌体，并对其生物学行为进行了研究，其中新分离得到的噬菌体vB_AsM_ZHF对A. salmonicida亚种有抑制作用。研究结果表明，该方法可能是一种替代抗生素的方法来保护鱼类免受多药A. salmonicida亚种的感染。研究背景杀鲑气单胞菌 (A.
2022-02-15 14:08:30
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原创 细菌完成图+比较基因组学助力沙门氏菌毒力因子研究
派森诺生物与华中农业大学合作，在微生物领域 《Microorganisms》发表研究成果！本研究提供了沙门氏菌的毒力表型和基因组特征，为进一步了解肠道沙门氏菌的毒力机制提供了依据。本研究首次获得肠球菌高毒力分离株SE211完整基因组序列，并对其进行比较基因组学和系统发育分析，为进一步研究肠球菌遗传学提供了初步的认识。研究背景沙门氏菌是一种广泛存在的人畜共患病病原体，通过受感染的牲畜和家禽引起人类食物中毒，并在世界范围内造成了相当大的经济损失。沙门氏菌病例是全球细菌性食源性疾病比较常见的原因之一，沙门氏菌
2022-01-20 16:49:45
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原创 噬菌体基因组测序再添IF3.493好文
派森诺与中国海洋大学合作，在《Enzyme and Microbial Technology》（影响因子：3.493）发表最新研究成果！本研究分离得到了一个抗金黄色葡萄球菌（S. aureus）的强毒噬菌体qdsa002，并表达和纯化了该噬菌体的內溶素（Lys84）及其结构域，发现Lys84对S. aureus具有较强的溶解活性，且比qdsa002具有更宽的杀菌谱，结果表明Lys84及其结构域可能是控制S. aureus及其生物膜的替代抗生素。研 究 背 景S.aureus是一种病原体，可引起广泛的急性
2022-01-19 14:01:13
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原创 转录和代谢组联合揭示龙葵对Cd胁迫反应的解毒和耐受分子机制
派森诺生物与上海交通大学携手合作，于近期在《Journal of Hazardous Materials》上发表了龙葵对 Cd 胁迫反应的解毒和耐受分子机制的研究成果。土壤重金属污染已成为世界性的环境问题。在所有重金属中，Cd因其强溶解性、流动性和毒性被广泛研究。Cd 在植物组织中很容易被吸收、运输和积累。因其无法被生物降解，在植物中会长期存在。而且由于食物链污染，对人类和动物健康也会构成潜在威胁。因此，对重金属污染（尤其是Cd）土壤进行修复治理势在必行。龙葵（Solanum nigrum L.）是一年
2022-01-19 13:53:44
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原创 菌群在发酵过程中如何动态演替
近期，派森诺与华中农业大学合作，再次在美国微生物协会（ASM）旗下的《Microbiology Spectrum》发表文章，通过扩增子测序和代谢组检测等手段，对两阶段固态发酵系统中微生物群落的演替进行详细研究，为调控食品发酵过程中的微生物群落，以及促进发酵食品工业的现代化奠定基础！研究背景随着新一代测序技术的快速发展，使得研究者对来自多个生态系统的复杂微生物群落的组成和动态的认识有了飞跃性的进展。关于生物或非生物因素对微生物群落的聚集和稳定性的影响已被广泛报道。然而，在自然生态系统中，微生物群落结构形成
2022-01-11 16:36:49
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原创 抑制剧毒弧菌的新型噬菌体被发现
派森诺与江苏省农业科学院合作，在海洋与淡水生物学领域的《Aquaculture》发表研究成果！本研究在大黄鱼（Larimichthys crocea）中发现噬菌体vB_VhaS_PcB-1G能有效预防(93.33%)和控制(86.67%)V. harveyi弧菌感染。噬菌体的抗菌作用表明，该菌种有可能作为一种抗菌剂用于控制大黄鱼的V. harveyi弧菌感染和水产养殖中的弧菌病。1、研究背景大黄鱼(Larimichthys crocea，LC)和黄花鱼(Larimichthys polyactis)是中
2022-01-11 16:31:34
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原创 测序揭示肺炎克雷伯氏菌高毒耐药原因
派森诺生物与河南农业大学杜向党教授团队合作，对4株新分离的具有多重耐药性和高毒力特性的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯氏菌（Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）进行全基因组测序研究，成果以“Correspondence”的形式顺利发表在《柳叶刀》旗下子刊《The Lancet Infectious Diseases》（影响因子：25.071）！可喜可贺！研究背景2016年，《The Lancet Infectious Diseases》曾发表一篇流行病
2021-12-27 14:07:51
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原创 转录组助力HIV-1病毒感染机制研究新成果
派森诺与中国人民解放军陆军军医大学&复旦大学携手合作，于近期在《Cellular & Molecular Immunology》上发表HIV-1 Vif通过靶向STING抑制抗病毒免疫的研究成果。研究背景HIV-1感染诱导的cGAS-STING-TBK1-IRF3信号激活先天免疫产生I型干扰素(IFN)。HIV-1非结构蛋白病毒感染因子(Vif)在HIV-1复制中是必不可少的，因为它降低了宿主限制因子APOBEC3G。然而，它是否以及如何调节宿主的免疫反应仍有待确定。研究内容Vif抑
2021-12-27 13:57:48
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原创 比较基因组分析助力大肠杆菌进化研究
近日，派森诺生物与福建医科大学附属协和医院李彬老师课题组合作，在微生物基因组领域的《Frontiers in Microbiology》发表研究成果！本研究针对大肠杆菌的遗传多样性和系统发育进行研究，揭示了大肠杆菌 ST1193 在中国福州和非中国地区传播的不同进化轨迹，进一步支持了在特定引入地理区域之后该谱系的全球传输和本地化谱系扩展。研究背景大肠杆菌(E.coli)是最常见的革兰氏阴性细菌性条件致病菌，它主要栖息于人类和其他温血动物的下肠道，在临床和流行病学方面都有极大的挑战。E.coli可导致多种
2021-12-22 15:02:59
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原创 RNASeq助力发现协调上皮器官发生和组织稳态的交互机制
近期，派森诺与中国科学院分子细胞科学卓越创新中心合作，在Cell Reports上发表了题为《Endothelial Wnts control mammary epithelial patterning via fibroblast signaling》的研究结果。该研究突出了内皮生态位在组织模式中的重要性，揭示了不同生态位组分协调上皮器官发生和组织稳态的交互机制。研究背景器官发生和组织稳态是由生态位中各种细胞类型的合作密切调控的，上皮细胞受到微环境中存在的一系列信号的影响，包括来自成纤维细胞和内皮细胞
2021-12-22 15:01:20
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原创 派森诺转录+代谢组联合分析
异齿裂腹鱼属于裂腹鱼亚科鱼类，藏语称“棒棒鱼”，是裂腹鱼亚科中具有代表性的四倍体物种，主要分布于雅鲁藏布江干流和支流中，属于青藏高原重要的特有鱼类。目前，由于河流筑坝和过度捕捞，裂腹鱼类的野生资源已经呈逐年下降的趋势。人工养殖亲鱼的培育是异齿裂腹鱼野外资源恢复的有效手段之一，然而，在人工养殖条件下异齿裂腹鱼不能进行正常的性腺发育和成熟，导致驯养条件下异齿裂腹鱼的繁殖功能障碍。多项研究表明，鱼类繁殖功能障碍是由于人工养殖条件下的综合应激，特别是脂肪酸、维生素等营养因素对卵细胞质量和繁殖功能起着重要作用，从营
2021-12-20 14:06:19
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原创 细菌完成图+比较基因组分析添好文
近日，派森诺生物与上海交通大学农业与生物学院合作，在微生物基因组领域《Frontiers in Microbiology》发表研究成果！本文首次报道一种新型假单胞菌1257菌株，该菌株可以有效抑制水稻黄单胞菌（xanthomonasoryzae，Xoc）在水稻中的生长和迁移，从而预防细菌性叶斑病(bacterial leaf streak，BLS)。研究背景假单胞菌是普遍存在于土壤、水、动物和植物根际的革兰氏阴性菌，其具有生长速度快并在植物根际持续存在的能力，能够产生广泛的次生代谢产物(如抗生素、铁载体
2021-12-20 14:03:59
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原创 IF13+,派森诺真菌denovo测序项目文章三连发
文章一：柑桔黑素病病原菌柠檬酸异养杆菌NFHF-8-4全基因组测序IF=4.171合作单位：华中农业大学研究背景柑桔是不同柑橘品种上的优势种，其上的腐生菌是柑桔黑素病、茎端腐病和胶粘病的致病因子，这些疾病大大地降低了新鲜水果的质量和销路，柑桔砂皮病菌尤其会造成巨大的经济损失。目前关于柑桔砂皮病菌的基因组尚未发布，为了系统的研究柑桔和D.citri的相互作用，故对从江西省黑素病样品中分离得到的D.citri菌株进行全基因组测序，以期为研究柑桔的发育过程、病原菌侵染过程以及对杀菌剂的抗性机制提供有价值.
2021-12-16 16:08:07
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原创 QIIME 2基因云，登10分JHM
期刊：《Journal of Hazardous Materials》影响因子：10.588最近，派森诺与青岛科技大学合作，在知名期刊《Journal of Hazardous Materials》发表论文，评估了微塑料对铅锌污染土壤的性质、重金属有效性和细菌群落的改变。值得一提的是，本研究使用了QIIME 2基因云进行了微生物群落测序数据分析（包括物种组成分析、Alpha/Beta多样性分析、Venn图分析、PICRUSt2功能潜能预测和关联热图分析等）。QIIME 2已公认为微生物组领域的分析标.
2021-12-16 16:03:38
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原创 单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子
单细胞 CUT&Tag 分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《Single-cell CUT&Tag profiles histone modifications and transcription factor
2021-12-15 13:42:54
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原创 两列数据对比就用它--嵌套柱状图
我们常常比较两组数据的时候，眼睛来来回回的扫视，看起来比较费劲。那么可不可以有一种图表，把两组数据放在同一个维度进行比较呢？答案当然是可以啊，这就是我们今天要讲的嵌套柱状图。一起看看它的巧妙之处吧。1.嵌套柱状图1.1 简介通过两个嵌套柱状图展示数据的差异情况，对比更加清晰。图1 嵌套柱状图示例图2 柱状图示例图3 嵌套柱状图示例对比两组图片可发现：柱状图，需要来回扫视，不便查看，耗时也更久些，遇到数据差不多的，对比就更加微弱了。但是我们嵌套柱状图，能一眼看出两组数据的差别，一点也不费
2021-12-15 13:39:58
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原创 老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境
衰老和疾病过程中的骨质流失与成骨和破骨作用的失衡有关。研究表明，小鼠骨骼干细胞（SSC）的固有老化改变了骨髓微环境中的信号传导，扭曲了骨骼和血液谱系的分化，导致脆弱的骨骼再生不良。从功能上讲，衰老SSC的骨和软骨形成潜能降低，但产生更多的基质谱系，表达高水平的促炎症和促吸收细胞因子。单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的系统重建将老年SSC暴露于年轻循环中，不会逆转其骨软骨生成活性的降低，也不会改善老年小鼠的骨量或骨骼愈合参数。相
2021-12-14 11:47:06
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原创 单细胞转录组学应用：骨髓微环境
今天给大家介绍一篇2019年发表在Nature的一篇介绍骨髓微环境的单细胞文章The bone marrow microenvironment at single-cell resolution，解析了单细胞分辨率下的骨髓微环境。骨髓微环境在调节造血功能方面具有关键作用，但是其分子机制和对压力的反应却尚不明确。作者绘制了在平衡状态下和在应激条件下小鼠骨髓血管、血管周围以及成骨细胞的单细胞图谱。该分析揭示了以前未被认识到的骨髓生态位内的细胞异质性水平，以及原造血生长因子、趋化因子和膜结合配体的细胞来源。
2021-12-14 11:44:38
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原创 细菌框架图（IF5+）助力耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌研究
期刊：《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》影响因子：5.239派森诺与福建医科大学附属协和医院李彬老师课题组合作，在微生物基因组领域的《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》发表新研究成果！本研究针对头孢他啶/阿维巴坦（CAZ/AVI）耐药和敏感的碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌进行研究，利用基因组和分子遗传学方法鉴定和验证了产生CAZ/AVI耐药性的原因。研究背景耐碳青霉烯肠杆菌科.
2021-11-25 16:56:01
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原创 植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？
image.png期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候、土壤因子和施肥调控措施等多种因素交互影响下的土壤和植物微生物群落组合机制，为不同环境条件下植物微生物组结构及功能的时期演替特征提供了系统描述。可喜可贺！研究背景植物、微生物以及环境间复杂且动态的互作关系影响着植物共生微生物组群落的构建和宿主植物的健康状态，但是
2021-11-25 16:53:12
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原创 派森诺细菌完成图标准分析+高级分析
派森诺与江西农业大学张锦华老师课题组合作，在微生物基因组领域的《Scientific Reports》发表研究成果！该研究从腹泻仔猪的肠道内容物中分离得到了一株A型的产气荚膜梭菌JXJA17，对其进行了全基因组测序和比较基因组分析，为进一步研究β2毒素与仔猪腹泻的关系提供了依据。01、研究背景产气荚膜梭菌（C. perfringens，Cp）是一种普遍存在的革兰氏阳性杆状厌氧细菌，根据其产生的四种毒素，将其分为A-F七种类型。Cp是人类和动物的常见病原体，是一种条件致病菌，会导致气体坏疽、腹泻和食物中毒
2021-11-19 16:54:21
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原创 单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育
哺乳动物大脑是在多种复杂因素相互作用下发展起来的，包括形态发生、细胞间相互作用和内在的遗传程序，最终形成一千多种不同的细胞类型。单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从原肠胚形成到分娩之间大脑发育的完整单细胞转录组图谱。确定了近800种细胞类型，这些细胞类型描述了大脑及其封闭膜的功能元件的发育过程。并且结合原位杂交技术绘制了关键发育基因的空间表达图谱，揭示了神经系统发育过程中神经祖细胞的准确空间位置。材料方法
2021-11-19 16:49:43
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原创 派森诺线性回归图居然可以分身
01、图表介绍说到线性回归，大家一定会想起来令人头大的数学课，当然我们今天要介绍的不是原理，而是分享下如何快速做线性回归图。回归大致可以理解为根据数据集[公式] ，拟合出近似的曲线，所以回归也常称为拟合（Fit）。回归分析常用来确定两种或两种以上变量间相互关系的一种统计分析方法，运用十分广泛。图1 线性回归图02、平台实现首先，登入派森诺基因云, 进入【云图汇→线性回归图】1、准备数据图2 有无「Group」数据示例对比示例1和示例2发现，多了一组【Group】2、提交绘图两组数据分别
2021-11-12 15:02:23
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原创 标准误，标准差，置信区间分不清？派森诺教你画误差线
在任何一种测量中，无论所用仪器多么精密，方法多么完善，实验者多么细心，不同时间所测得的结果不一定完全相同，会有一定的误差和偏差，严格来讲，误差是指实验测量值（包括直接和间接测量值）与真值（客观存在的准确值）之差，偏差是指实验测量值与平均值之差。误差分析的目的就是评定实验数据的准确性，通过误差分析，认清误差的来源及其影响，依据分析结果减小误差，提高数据的准确性。接下来，给大家介绍一款，误差分析的可视化工具。图1 误差折线图正式介绍实现方法之前，我们先来了解下误差折线图涉及的三个统计概念。01、三个
2021-11-12 15:00:28
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原创 pmoA+16S测序+qPCR溶洞甲烷氧化菌的分布
近期，派森诺与中国地质大学合作，在美国微生物协会（ASM）旗下的《Microbiology Spectrum》发表论文，研究了甲烷氧化细菌与细菌总群落在溶洞中的组成与分布，并通过QIIME 2分析和模块化关联网络的构建，揭示了微生物与环境因子、以及微生物与微生物之间的互作关系，对甲烷氧化菌的多样性和组成丰度、以及地下溶洞中的细菌群落和微生物相互作用有了新的认识！一、研究背景溶洞是具有稳定的温度、高湿度、寡营养以及一定地理隔离的极端环境之一。溶洞中甲烷的浓度始终低于大气水平，是大气甲烷潜在的汇集库。这种现
2021-11-09 17:23:15
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原创 派森诺细菌完成图标准分析轻松发文
2021年11月2日，派森诺与上海中医药大学黎万奎老师课题组，在微生物基因组领域的《Pathogens》发表研究成果！该研究从藏红花的根际土壤中分离得到了铜绿假单胞菌YY322，通过拮抗实验发现该菌株对藏红花的病原菌具有较强的拮抗，全基因组测序揭示了该菌株在植物生长促进和生物防治机制中的作用，为铜铝假单胞菌作为植物促生菌用于藏红花生产提供了证据，为微生物肥料的开发利用奠定了理论基础。研究背景藏红花是中国一种重要的药用植物，具有活血化瘀、凉血解毒、缓解抑郁、镇定神经的功效。由于藏红花产量低、价值高、价格昂
2021-11-09 17:19:44
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原创 派森诺细菌完成图+转录组+蛋白组+实验端验证高分文章
微生物基因组多组学联合分析又双叒叕添高分文章啦！近日，派森诺生物与四川师范大学生命科学院赵甲元老师课题组携手，在微生物基因组领域的《Chemical Engineering Journal》发表研究成果！依旧是经典的细菌完成图测序+转录组测序+蛋白组测序+实验端验证的研究思路，每有文章刊载必是精品，还在等什么，快来get吧！01、研究背景农药在保障粮食安全方面发挥着重要作用，但对食品安全、生态保护和人类健康构成潜在威胁。通过微生物活性降解农药，作为一种安全、环境友好、实用的消除农药残留的方法，越来越受
2021-11-05 10:39:43
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原创 TMT定量蛋白组学助力PRV-宿主细胞互作的分子机制研究
猪伪狂犬病（Pseudorabies virus，PRV）是一种主要发生在猪身上的急性传染病，对全球养猪业造成了严重的威胁。现有的商业疫苗也未能防止新的PRV菌株出现。因此，迫切需要新的手段和策略来控制PRV的传播。迄今为止，应用蛋白质组学来分析PRV-宿主细胞互作机制的研究还很少。因此本文采用TMT标记定量蛋白质组学方法来比较PRV感染后宿主细胞的蛋白表达差异，为进一步揭示PRV发病机制和潜在的抗病毒靶点提供理论依据。技术线路1、PRV诱导的细胞蛋白表达差异为了分析PRV感染过程中宿主细胞蛋白表
2021-11-05 10:35:03
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原创 RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上对基因表达的调控，包括对真核生物基因的转录产物进行的一系列修饰和加
2021-11-02 15:26:50
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原创 派森诺线性回归图居然可以分身
01、图表介绍说到线性回归，大家一定会想起来令人头大的数学课，当然我们今天要介绍的不是原理，而是分享下如何快速做线性回归图。回归大致可以理解为根据数据集[公式] ，拟合出近似的曲线，所以回归也常称为拟合（Fit）。回归分析常用来确定两种或两种以上变量间相互关系的一种统计分析方法，运用十分广泛。图1 线性回归图02、平台实现首先，登入派森诺基因云, 进入【云图汇→线性回归图】1、准备数据图2 有无「Group」数据示例对比示例1和示例2发现，多了一组【Group】2、提交绘图两组数据分别
2021-11-02 15:23:07
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空空如也
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