nii切png

import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os

def read_niifile(niifile): # 读取niifile文件
img = nib.load(niifile) # 下载niifile文件（其实是提取文件）
img_fdata = img.get_fdata() # 获取niifile数据
return img_fdata

def save_fig(file): # 保存为图片
fdata = read_niifile(file) # 调用上面的函数，获得数据
(x, y, z) = fdata.shape # 获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）
for k in range(y):
silce = fdata[:, k, :] # 三个位置表示三个不同角度的切片
imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir, ‘{}.png’.format(k)), silce)
# 将切片信息保存为png格式

dir =r’C:\Users\User\Desktop\MICCAI_BraTS_2019_Data_Training\HGG\BraTS19_2013_2_1\BraTS19_2013_2_1_seg.nii’ # nii的路径
savepicdir =r’C:\Users\User\Desktop\niit2opng’ # 保存png的路径
os.mkdir(savepicdir) # 创建文件夹
save_fig(dir) # 运行程序，保存为图像